Gedurende de 17e eeuw speelden er twee controversen in de onderlinge verhouding tussen de katholieken in de Republiek *  . Kerkrechtelijk was er verschil van mening over de positie van de katholieke kerk in de calvinistische Republiek. De apostolische vicarissen, gesteund door de seculiere geestelijkheid, zagen zichzelf de facto als aartsbisschop van Utrecht, al kon dit officieel niet worden bevestigd vanwege de politieke situatie. Daar tegenover stond de visie van pauselijke curie en reguliere geestelijken, dat het aartsbisdom Utrecht met zijn suffraganen niet meer bestond en nu een zendingsgebied was met aan het hoofd de apostolisch vicaris die zijn bevoegdheden gedelegeerd kreeg via de nuntius van de paus.

Het tweede punt van controverse was meer dogmatisch-theologisch van aard. Inzet was de genadeleer, zoals door Cornelius Jansenius in zijn posthume Augustinus (1640) geformuleerd. Paus Alexander VII had in 1665 gedecreteerd dat vijf aan de Augustinus ontleende stellingen door alle geestelijken in een hun daartoe voorgelegd Formulier moesten worden veroordeeld. Ondanks het feit dat Van Neercassel het Formulier had ondertekend werd hij toch van jansenistische sympathieën verdacht. Tot officiële stappen tegen hem kwam het echter niet. Zijn opvolger, Petrus Codde, weigerde evenwel het Formulier te ondertekenen. Vreemd genoeg heeft dit zijn benoeming tot apostolisch vicaris niet tegengehouden.

Pas aan het einde van de 17e eeuw werden de verdachtmakingen tegen Codde dusdanig serieus genomen, dat hij naar Rome werd ontboden *  . De paus droeg de internuntius te Brussel op om Theodorus de Cock tot provicaris te benoemen gedurende de afwezigheid van Codde. Dit viel in slechte aarde. De Cock stond bekend als anti-jansenist en vanwege zijn eenvoudige komaf werd door de leiding van de Hollandse Zending op hem neergekeken. Zijn benoeming tot provicaris werd dan ook niet erkend. Voor zijn vertrek naar Rome in 1700 benoemde Codde zelf vier provicarissen als plaatsvervangers *  .

Codde bleek niet in staat om zich tegen de verdachtmakingen naar behoren te verdedigen. Tevens was overduidelijk dat hij bleef weigeren om het formulier van Alexander VII te ondertekenen. Uiteindelijk zal dit de voornaamste reden geweest zijn om hem in 1702 te schorsen. Opnieuw werd Theodorus de Cock aangesteld als provicaris en plaatsvervanger. Zonder twijfel heeft deze benoeming de krachten die tot het schisma van 1723 zouden leiden ontketend. De Cock werd niet erkend door het vicariaat noch door het kapittel van Haarlem. Johan Christiaan van Erckel, door De Cock afgezet als aartspriester te Delft, wist bij de Staten van Holland gedaan te krijgen dat een verbod werd afgekondigd voor De Cock om zijn ambt uit te oefenen en voor de geestelijkheid in het gewest om hem als provicaris te erkennen. Verder werd bepaald dat toekomstige benoemingen van apostolische vicarissen dienden te worden goedgekeurd door de Staten van Holland, dat bevelen van de internuntius te Brussel niet mochten worden opgevolgd en dat regulieren zich niet meer in de Republiek mochten vestigen *  .

De paus reageerde met een breve op 7 april 1703 waarin ieder die zich rechtsmacht binnen de missie zou toeëigenen met de ban werd bedreigd *  . De Staten van Holland bepaalden echter op 25 mei dat zij krachtens het recht van placet eerst toestemming moesten verlenen voordat een pauselijk schrijven openbaar kon worden gemaakt. De Staten van Utrecht sloten zich hierbij aan. Doordat er een prijs op het hoofd van De Cock was gezet, was hij genoodzaakt uit te wijken naar Emmerik.

Codde weigerde bij zijn terugkeer in de Republiek het bestuur van de Hollandse Zending weer op zich te nemen. Hij wilde hiermee verdere verdeeldheid alsook zijn excommunicatie voorkomen. Op 3 april 1704 werd Codde definitief afgezet door de paus. In de zomer van 1705 deed de internuntius Bussi een bemiddelingspoging met de geestelijken van het kapittel van Haarlem, het vicariaat en de burgerlijke overheid. Het resultaat was de benoeming van Gerardus Potcamp, aartspriester van Lingen, tot apostolisch vicaris op 14 november 1705. Alle partijen konden zich in deze benoeming vinden. Potcamp werd zowel door de paus als door de Staten erkend. Lang heeft hij dit ambt niet kunnen uitoefenen, reeds een maand later overleed hij. Tijdens zijn korte bestuur benoemde hij van Heussen, Cats en De Swaen tot provicaris en erkende het vicariaat van Utrecht als 'kapittel' *  . Dit had tot gevolg dat het vicariaat na Potcamps dood dadelijk het bestuur overnam.

Op 8 januari 1707 werd Adam Damen benoemd tot apostolisch vicaris door Bussi, inmiddels nuntius te Keulen, maar niet erkend door het vicariaat en de burgerlijke overheid *  . Vanaf 1713 hield Damen zich afzijdig van het bestuur van de Hollandse Zending. Vincenzo Santini, vanaf 1713 internuntius te Brussel, werd op 3 oktober van dat jaar door de Propaganda Fide voor vijf jaar benoemd tot superior van de Hollandse Zending *  . Op 2 oktober 1717 werd Johannes van Bijlevelt benoemd tot apostolisch vicaris. Ofschoon door de meerderheid van de geestelijkheid niet erkend en door de Staten van Holland verbannen, vestigde Van Bijlevelt zich te Utrecht, in 1720 te Arnhem.

Van Bijlevelt zou de laatste apostolische vicaris zijn die het bestuur over de Hollandse Zending uitoefende *  . Inmiddels was 'kapittelvicaris' Hugo Franciscus van Heussen overleden en opgevolgd door Cornelis Steenoven. Ofschoon het vicariaat zich al langer als opvolger van het voormalig Generaal Kapittel beschouwde, liet men dit nu openlijk blijken. Daarmee keerde het vicariaat zich tegen de pauselijke invloed in de Republiek. Rome liet in 1723 Van Bijlevelt vallen en ging op zoek naar een opvolger die ook erkend zou worden door de Staten. Het vicariaat stuurde aan op de benoeming van een aartsbisschop van Utrecht en stelde Cornelis Steenoven op 27 april 1723 hiervoor als kandidaat. De paus werd om bevestiging gevraagd. Het overlijden van paus Innocentius XIII voorkwam een spoedig antwoord en op 15 oktober 1724 werd Steenoven tot aartsbisschop van Utrecht gewijd door de geschorste bisschop van Babylon, Dominique-Marie Varlet. Benedictus XIII reageerde op 21 februari 1725 met een breve aan de katholieken van de Hollandse Zending waarin hij de keuze en wijding van van Steenoven als onwettig en ongeldig verklaarde *  .

In december 1723 was Johannes van den Steen door de Brusselse internuntius Spinelli nog tot apostolisch vicaris benoemd. Van den Steen zou zijn functie echter nooit uitoefenen, aangezien hij niet werd toegelaten door de Staten van Holland. Van verdere pogingen een apostolisch vicaris erkend te krijgen heeft men daarna maar afgezien. Het bestuur van de Hollandse Zending kwam voortaan te berusten bij de internuntius. In het veld werd het toezicht op een lager niveau uitgeoefend door aartspriesters *  . Hiermee waren de katholieken in de Republiek vanaf 1723 definitief gesplitst in twee groeperingen, namelijk degenen die trouw bleven aan het bestuur van de Hollandse Zending en degenen die de aartsbisschop van Utrecht en daarmee de Kerk van Utrecht steunden.

Steenoven stierf op 3 april 1725, waarop het 'kapittel' opnieuw overging tot de keuze van een aartsbisschop van Utrecht. De keuze viel op Cornelis Barchman Wuytiers. De paus reageerde weer met een ongeldigverklaring. Vervolgens werden allen die betrokken waren geweest bij de wijding van Wuytiers geëxcommuniceerd. Ofschoon het vicariaat en de aartsbisschop slechts door een minderheid werden gesteund, was het schisma onherroepelijk een feit.