Het Kinderziekenhuis is de voorloper van Het Wilhelmina Kinderziekenhuis. Tussen het archief van het Kinderziekenhuis (188-1897) en dat van Het Wilhelmina Kinderziekenhuis is geen cesuur in de inventaris gemaakt.
De oorspronkelijke structuur van het archief was niet meer te achterhalen. Waarschijnlijk is in de beginjaren het archief bij gehouden door de directrice. Naarmate het aantal personeelsleden toe nam en de organisatiestructuur complexer werd, nam ook het aantal mensen toe dat een deel van het archief bij hield. Vanaf 1982 tot oktober 1997 hield ieder lid van de Raad van Bestuur waarschijnlijk zijn eigen archief bij, opgeborgen in ordners. Het archief is daardoor behoorlijk versnipperd geraakt en sommige stukken zijn in de archieven van alle bestuursleden terechtgekomen en derhalve dubbel, driedubbel etc. aanwezig. De inkomende en uitgaande post werd in gescheiden postboeken geregistreerd. Hierbij is geen overzicht gemaakt welke stafleden welke zaken behandelden. Uit het register is ook niet op te maken of en in welk dossier een stuk zich bevindt.

Als gevolg van de fusie tussen het Academisch Ziekenhuis Utrecht (AZU) en het Wilhelmina Kinderziekenhuis (WKZ) in 1997 kreeg het Centraal Archief van de Raad van Bestuur van het AZU de verantwoordelijkheid over de bestuursarchieven van het WKZ. De lopende dossiers werden in het dynamisch archief van het AZU ingevoerd. De dossiers met contracten en tekeningen zijn in het AZU ondergebracht bij de afdeling Commerciële Zaken en de Logistiek Technische Dienst.

De archiefbescheiden die geen direct belang hadden voor het bestuur en de administratie van het AZU bevonden zich nog in diverse gebouwen in de binnenstad van Utrecht. Vlak voor de verhuizing van het Wilhelmina Kinderziekenhuis naar de Uithof heeft men geprobeerd om dit archiefmateriaal zoveel mogelijk te verzamelen. Toen bleek echter dat het archief over diverse plaatsen verspreid was. De volgende archiefdelen zijn terug gevonden:
- Archiefdeel Zuilenstraat WKZ (Archiefdeel Z)
- Archiefdeel de Folter van het WKZ (archiefdeel F)
- Archief van het Polenproject (bijgevoegd in het archiefdeel F)
- Archiefdeel Messer van het WKZ (archiefdeel M)
- Nieuwbouw archief WKZ (archiefdeel N) (15m-l)

Bij de verhuizing van het archief werd de oorspronkelijke indeling aangehouden. Op de dozen werden door middelen van letters aangegeven om welk archiefdeel het ging. (Z. voor Zuilenstraat, F voor het archief van de heer de Folter, M voor het archief van professor Messer. Deze archiefdelen werden in principe los van elkaar bewerkt. In een latere fase zijn de archiefdelen die betrekking hebben op de nieuwbouw bewerkt conform de vernietigingslijst. Dit archiefdeel is een zelfstandig archiefdeel gebleven na de bewerking. Ook het projectenarchief ten aanzien van het project 'WKZ aan Zet' is in een latere fase bewerkt conform de selectielijst. De stukken van het project werden tijdens de bewerking ondergebracht in het archiefdeel Zuilenstraat.

Het teruggevonden archief is verre van volledig. Een deel van het archief wat is overgebleven na bewerking bestaat uit kopieën van originelen. De originelen zijn verloren gegaan c.q. niet terug gevonden. Omdat de kopieën waardevolle informatie bevatten die noodzakelijk zijn om tot een goed begrip te komen van het werk van het Wilhelmina Kinderziekenhuis is besloten om deze kopieën te bewaren en mee te nemen in de beschrijvende inventaris. Een van de oorzaken is de verhuizing naar de nieuwbouw. Toen is zeer waarschijnlijk veel archiefmateriaal aangezien voor oud papier en weggegooid. Hierdoor zijn er duidelijke hiaten in het archief ontstaan.