Het Wilhelmina Kinderziekenhuis is in 1888 als Het Kinderziekenhuis begonnen. In het archief zitten stukken vanaf 1888. Per oktober 1997 vond er een fusie plaats tussen Het Wilhelmina Kinderziekenhuis en het Academisch Ziekenhuis Utrecht (AZU). Als gevolg van die fusie is de zorg en het beheer van het archief van het Wilhemina Kinderziekenhuis in handen gekomen van het AZU. Als einddatum voor het archief is dan ook oktober 1997 gehanteerd. De enkele stukken die van latere datum zijn, maar duidelijk behoren bij het Wilhemina Kinderziekenhuis van voor de fusie zijn wel in dit archief meegenomen

De bewerking heeft plaats gevonden in een drietal fases:
1. Opstellen plan van aanpak voor de bewerking van het archief
2. Bewerken van het archief met behulp van de selectielijst
3. Maken van een beschrijvende inventaris

Tijdens de eerste fase van de bewerking is een selectielijst gemaakt omdat voor het archief nog geen vernietigingslijst bleek te bestaan. Tevens werd een plan van aanpak geschreven volgens welke het vervolg van de bewerking plaats vond.
In de tweede fase werd het archief door DOXiS bewerkt conform de 'Lijst van te vernietigen archiefbescheiden uit de archieven van de academische ziekenhuizen van 16 januari 1986'. Na de bewerking bleef een archief over van circa 45 m1, verpakt in zuurvrije dozen en omslagen. Bij deze bewerking werd de oorspronkelijke ordening gehandhaafd, dat wil zeggen dat de dossiers zoals ze zijn aangetroffen ontdaan werden van verzurende en weekmakende materialen en dat de volgorde waarin de dossiers stonden werd gehandhaafd. Hierbij werden de archiefstukken globaal beschreven in een geautomatiseerd bestand.
In de derde fase werden de dossiers inhoudelijk bekeken en ondergebracht in een structuurschema. Tevens werd een beschrijvende inventaris gemaakt. In deze fase zijn nog een aantal (dubbele) stukken en dossiers verwijderd. Hierdoor is de totale omvang van het over te dragen archief gekomen op circa 21 strekkende meter.

De vernietiging vond plaats conform de lijst van te vernietigen archiefbescheiden uit de archieven van de academische ziekenhuizen van 16 januari 1986. Documenten met personele en financiële gegevens met gevoelige inhoud zijn uit het archief verwijderd om bij het AZU zelf te worden bewaard. Voorafgaand aan de bewerking van het archief bedroeg de omvang van het archief ca. 72 m. Na voltooiing van de bewerking is deze omvang teruggebracht tot 21 m.
Het ontwikkelingsstadium van de stukken liep vaak uiteen. Indien van een stuk het origineel voor handen was, werd het kopie weggedaan. In die gevallen waar de originelen ontbraken en wel kopieën voor handen waren werden de kopieën bewaard en beschreven. De jaarverslagen van het WKZ uit 1888 en 1889 zijn bijvoorbeeld alleen in kopie bewaard gebleven. Ook bij de notulen van de Algemene Ledenvergadering, en de directie ontbraken soms de originelen maar waren wel kopieën aanwezig. De kopieën nemen in die gevallen de plaats van de originelen in.

Het archief, zoals het werd aangetroffen voor de inventarisatie was niet compleet. Hiaten werden aangetroffen bij de notulen van de Algemene Ledenvergadering, de vergaderingen van het bestuur van het WKZ en van de directie met de staf. Bij de correspondentie van het bestuur waren alleen de minuten van uitgaande stukken aangetroffen. Bovendien werd in die correspondentie een groot hiaat (veertig jaar) gevonden. Uit de beschrijving van de stukken blijkt of er sprake is van een opeenvolging in jaren of briefnummers of dat er sprake is van ontbrekende stukken of jaren.
Soms werd zuinig omgesprongen met het materiaal. Hierdoor kwam het voor dat de notulen van de Algemene Ledenvergadering achter in het schoolschriftje werden geschreven, waar voor in de notulen van het bestuur werd geschreven. Deze manier van omgaan met het materiaal werd in 1993 nog een keer teruggevonden. In dit geval is gebruik gemaakt van een blanco nummer (-.) en wordt bij de beschrijving in een nota bene verwezen naar inventarisnummer 2.