Nadat plannen van het stadsbestuur van Utrecht in 1470 een universiteit te stichten niet doorgingen, duurde het tot 1634 voordat als voorloper van de universiteit de "Illustere School" werd opgericht. Twee jaar later werd op 26 maart 1636 deze "school" door de Staten van Utrecht verheven tot universiteit.

De universiteit omvatte in het begin vier faculteiten: een theologische, een juridische, een medische en een filosofische. Aan de laatste werden behalve filosofie ook nog natuurwetenschappen en letteren gedoceerd.
Huisvesting voor de universiteit werd gevonden in het voormalige kerkelijke gebouwencomplex bij de Dom.

Het bestuur was voornamelijk in handen van de stedelijke regering. De vroedschap nam de besluiten. Hierbij werd zij officieel geadviseerd door de "burgemeesteren en gecommitteerden tot de academische zaken", die daarmee een groot stempel op het beleid drukten *  .

De eigen inbreng in het bestuur van de universiteit geschiedde middels de academische senaat. De senaat bestond uit de gezamenlijke gewone hoogleraren-buitengewone hoogleraren hadden daarin geen zitting-met aan het hoofd de rector-magnificus, die tevens de functie van secretaris vervulde. Pas in 1779 kwam er een aparte secretaris voor de senaat.

De rector-magnificus en de assessoren vormden samen het dagelijks bestuur van de senaat. De assessoren, aanvankelijk drie, vanaf de achttiende eeuw vier in getal, waren de afgevaardigden van de faculteiten. Zowel de rector-magnificus als de assessoren werden door de vroedschap van Utrecht aangewezen voor de periode van een jaar, beginnend op 16 maart. Hieruit blijkt nog eens de grote invloed die de stad Utrecht in zeventiende en achttiende eeuw had op de universiteit. De rector-magnificus tenslotte werd vrijwel altijd gekozen uit de jaarlijks aftredende assessoren.

Tot de taken van de senaat, dus de rector-magnificus en hoogleraar gezamenlijk, behoorden o.a. het indienen van voorstellen van kandidaten voor wetenschappelijke functies, het toezicht op het onderwijs, het nemen van beslissingen aangaande examens, promoties, ere-doctoraten, enz.

De dagelijkse zaken werden afgehandeld door de rector-magnificus alleen of met de assessoren, o.a. administratieve handelingen.

Aanvankelijk groeide de universiteit zeer langzaam. Een duidelijk zwaartepunt lag bij de faculteit der theologie.

Na ruim anderhalve eeuw bracht de Franse tijd verandering in de bestaande structuur. Het centralisme sloeg toe, beslissingen werden in toenemende mate in Den Haag genomen.

Terwille van de geografische positie van Utrecht t.o.v. andere universiteitssteden, werd deze universiteit gedegradeerd tot "atheneum", zonder promotierecht. Na het herstel van de onafhankelijkheid in 1813 werd deze maatregel weer snel ongedaan gemaakt. Het organiek besluit van 2 augustus 1815 bepaalde, dat er te Leiden, Utrecht en Groningen voortaan "Lands-Hoogescholen" zouden zijn. Wat wel definitief verdween was de invloed van de stad Utrecht.

In 1815 ontstond er ook een nieuwe, vijfde faculteit, namelijk die van de wis- en natuurwetenschappen, als afsplitsing van de filosofische faculteit.

Nog steeds was de universiteit klein in omvang te noemen, zo waren er in 1821 bijv. 255 studenten: 79 in de theologie, 58 in de rechten, 24 in de geneeskunde, 6 in de wis- en natuurwetenschappen en 88 in de letteren en wijsbegeerte. Door de invoering van de Wet op het Hoger Onderwijs van 1876 verdween de benaming "LandsHoogeschool" en werd vervangen door die van Rijksuniversiteit. In 1925 werd de veeartsenijkundige school-opgericht in 1821-als zesde faculteit aan de universiteit toegevoegd. De universiteit bezat nu als enige in Nederland een diergeneeskundige faculteit. Gestaag groeide het aantal studenten. Waren er in 1886 nog maar 463, in 1936 was hun aantal al gestegen tot c. 2700. De gestage groei vergde meer continuïteit in het senaatsbestuur. Daarom werd in 1933 besloten een commissie te vormen waarin naast de rector-magnificus en de assessoren een tweede vertegenwoordiger van elke faculteit met een vierjarige zittingsduur opgenomen zou worden. *  Deze commissie werd Senatus Contractus genoemd. In de jaren vijftig zou de Senatus Contractus het college van rectormagnificus en assessoren overvleugelen en zelfs overbodig maken. De tweede wereldoorlog had uiteraard ook voor de Utrechtse universiteit de nodige gevolgen. * 

De Utrechtse universiteit, 1936-1986, Maarssen, 1986. pag. 27 e.v. In 1940 werden joodse hoogleraren ontslagen en in 1941 werd een numerus clausus ingesteld voor joodse studenten. Ondanks allerlei conflicten en incidenten bleef de universiteit geopend. Niet de senaat maar de rector-magnificus speelde hierin een beslissende maar soms eigenmachtige rol. In december 1942 werden inschrijvingsregisters van studenten vernield door brand in het Academiegebouw. In februari 1943 had een razzia plaats op studenten gevolgd door de eis tot tekening van de loyaliteitsverklaring in maart. Het onderwijs kwam toen zo goed als stil te liggen. Na de heropening van de universiteit op 24 september 1945 kon de zuivering worden ingezet. Zes hoogleraren werden ontslagen, 33 "gestaakt" of geschorst. Door de na-oorlogse toename van het aantal hoogleraren verminderde de bestuurskracht van de senaat. Om dit te ondervangen besloot de senaat in 1955 om de zaken die niet uitdrukkelijk aan de voltallige senaat waren opgedragen door de Senatus Contractus te laten afhandelen. Steeds meer werd de behoefte gevoeld aan bestuurlijke coördinatie tussen de senaat en het college van curatoren. Daartoe ontstond in het midden van de vijftiger jaren het wekelijks overleg tussen enerzijds de rector-magnificus en sinds 1957 ook de secretaris van de senaat en anderzijds de president-curator en de secretaris van curatoren (later secretaris van de universiteit).

Dit overleg werd ook wel dagelijks bestuur van de universiteit genoemd. In het faculteitenbestel traden in 1963 en 1964 wijzigingen op. Als gevolg van afsplitsing van de wijsbegeerte van de faculteit. Eveneens in 1963 kregen de sociale en fysische geografen een eigen faculteit in de interfaculteit der aardrijkskunde en préhistorie. Voor die tijd deden studenten in de geografie examens in de verenigde faculteiten der wiskunde en natuurwetenschappen en letteren en wijsbegeerte. In 1964 werd de faculteit der sociale wetenschappen opgericht. Via een systeem van een aantal verenigde faculteiten is deze faculteit vooral ontstaan uit de faculteit der letteren. De roep om openbaarheid van en inspraak in het universitaire bestuur werd in de zestiger jaren steeds duidelijker hoorbaar. Jarenlang werd gediscussieerd over een nieuwe democratischer bestuursvorm zonder het dualisme van enerzijds de senaat en anderzijds de curatoren. Op 2 juli 1969 werd de senaatsvergadering door studenten verstoord. Dit was in feite de laatste echte door de senaat gehouden vergadering. Het formele einde bracht de Wet Universitaire Bestuurshervorming 1970. Enige van de senaatstaken zouden in de nieuwe bestuursstructuur overgenomen worden door het College van Decanen.