Faculteiten zijn de hoofdafdelingen van de senaat, waarin de vergaderingen van de hoogleraren en overige organisatievormen, zoals de wetenschappelijke instituten van de gezamenlijke universitaire onderwijs- en onderzoeksvakken traditioneel gegroepeerd en ingedeeld zijn, overeenkomstig de hoofdgroepen van de wetenschappen. In het algemeen kan men stellen dat in oorsprong de faculteitenindeling van elke universiteit geënt is op de algemene wetenschapsindeling van de middeleeuwse universiteiten, namelijk de indeling van theologie, rechten, medicijnen en de artes, welke laatste takken van wetenschap vooral voorbereidend filosofisch, literair en wiskundig natuurwetenschappelijk waren gericht. Pas in 1815 is deze laatste groep, die van de artes, bij het Organiek Besluit van 2 augustus 1815 van koning Willem I voor de Rijksuniversiteiten gesplitst in twee faculteiten, namelijk die voor de wis- en natuurkunde (aanvankelijk ook wel genoemd 'wis- en natuurkundige wetenschappen') en die van de letteren en wijsbegeerte (aanvankelijk ook wel genaamd 'bespiegelende wijsbegeerte en letteren'). Het was een splitsing naar Frans université-voorbeeld uit de Napoleontische tijd.

De faculteitsvergaderingen *  waren groepsgewijs de bijeenkomsten van de gewone en buitengewone hoogleraren van de vakken en takken van wetenschap die onder de betreffende faculteit vielen en zelf lid van de faculteit waren, aan welke beraadslagingen en werkzaamheden naderhand ook de bijzonder hoogleraren konden deelnemen. De voorzitter heette decanus (later: dekaan), het jongste lid in ambtsjaren was secretaris. Zij vormden het dagelijks bestuur van de faculteit, maar hadden geen bijzondere wettelijke bevoegdheden. Bij toerbeurt van elk van de faculteiten (zij het in wisselende volgorde) werd een van de hoogleraren daaruit voor één jaar rector magnificus.

Faculteitsvergaderingen werden vrij geregeld gehouden, mede omdat een faculteit aan rector en senaat (dat waren de vergaderingen van de hoogleraren) pre-advies moest geven in onderwijs-organisatorische en benoemingskwesties, waarin officieel rector en senaat het college van curatoren van advies moesten dienen. Verzoek 'om bericht en raad' heette dat. Deze gang van zaken gold bij voorbeeld de voorbereiding van hoogleraar- en lectorenbenoemingen. De definitieve aanbevelingslijst aan de minister werd dus verzonden 'gehoord de faculteit', die zich bij tijd en wijle dan verzekerd had van de bijstand van de zusterfaculteiten, dus die van andere universiteiten. Het fenomeen 'om bericht en raad' door de faculteiten via de senaat aan curatoren en door hun bemiddeling aan de minister kon alle zaken betreffen die geacht werden het belang van de faculteit te dienen en de regering voor te lichten. Overigens ontving een faculteit als instelling nooit een officieel antwoord of een formele beschikking op haar voorstellen of aanbevelingen, en werden niet als officiële vertegenwoordigers van de universiteit erkend. Dat bleven alleen curatoren, en rector en senaat.

In de eerste helft van de negentiende eeuw stelden de faculteiten ook vrijwel elk jaar de onderwerpen van de wetenschappelijke prijsvragen vast, die daarna door senaat en rector officieel werden geannonceerd en gepubliceerd, mede bedoeld om de studenten gedurende hun studie tot zelfstandige beoefening van de wetenschap op te wekken. Het was een aan de hoogleraren van de afzonderlijke faculteiten exclusief toegekend recht om die ingezonden verhandelingen en studies te bekronen. Het betreft uiteraard uitsluitend zuiver wetenschappelijke beoordelingen, waarvoor alleen, net als bij examens de hoogleraren die aan een bepaalde faculteit verbonden waren, competent waren. Alleen de faculteitshoogleraren hadden immers, onder verantwoordelijkheid van de faculteit, de wettelijke bevoegdheid examens af te nemen. Dit gold ook voor de zogeheten 'effectus civilis', de overige wettelijke bevoegdheden die verbonden zijn aan bepaalde diploma's. Ook het artsexamen werd van een staatsexamen na enige overgangsregelingen tenslotte in 1921 een universitair examen van de faculteit. In het algemeen gesproken moest de faculteit voor het afnemen van elk officieel mondeling examen altijd met drie leden bijeenkomen. De faculteit had ook zeggenschap ten aanzien van de wettelijke vaststelling, omvang en inrichting van de examens.

De faculteiten hebben altijd een integrerend onderdeel gevormd van het college van senaat en rector, dus van de algemene universiteitsorganisatie. Ten aanzien van de faculteit der godgeleerdheid (of Theologische faculteit) zijn een aantal bijzonderheden en aanvullingen te vermelden op dit algemene beeld. Terwijl van de overige faculteiten alleen archivalia sedert 1815 zijn overgeleverd, zijn van de faculteit der godgeleerdheid ook notulen/resoluties en andere archiefbescheiden uit de zeventiende en achttiende eeuw bewaard gebleven. * 

In 1876 ontstond bij de Wet op het hoger onderwijs het instituut van de kerkelijke hoogleraren die vanwege en door de Synode van de Nederlands Hervormde Kerk werden benoemd ten behoeve van de predikantenopleiding. Aanvankelijk stonden zij buiten de faculteit en mochten zij geen examens afnemen. Pas in 1905 zijn de kerkelijke hoogleraren adviserend lid van de Theologische faculteit geworden.

Er werden diverse beurzen en fondsen gesticht ter begeving door de faculteit der godgeleerdheid en ten behoeve van theologiestudenten van onbemiddelde afkomst. *  De oudste beurzenstichting dagtekende van 1650. Het was het Fonds Van Frankendaal, ook wel Van Frankendaal-Pels genaamd, naar Johanna Pels, de vrouw van J.L. van Frankendaal. Twee Utrechtse hoogleraren in de theologie waren de bewindvoerders. Deze hoogleraren beheerden ook het fonds dat in 1706 door Petrus van Mastricht, hoogleraar in de godgeleerdheid bij zijn dood was nagelaten. In 1734 liet Anna van Everwijn tot Santbrinck een legaat na ten behoeve van Hongaarse en Zevenburgse (Oost-Roemeense) protestantse theologiestudenten, die te Utrecht werden opgeleid, en dus afkomstig waren uit de onderdrukte protestantse gemeenten in het Habsburgse en Turkse rijk aldaar. Deze protestantse gemeenten ontvingen ook van de Hervormde Kerk, de Staten van Utrecht en de stad Utrecht zeker sinds 1720 volop steun. Dan waren er nog de algemene fondsen en beurzen die door het oud-lid van de Utrechtse vroedschap J.D. van der Ende in 1742, en door de Utrechtse oud-burgemeester Johan Breyer in 1763 ter beschikking waren gesteld ten behoeve van onbemiddelde theologiestudenten.

Maar veruit de belangrijkste stichting en beurs voor de studenten in de godgeleerdheid uit de Duitse Palts en Hongarije werd het Stipendium Bernardinum *  , dat in 1761 door Daniël Bernard Guiljamsz., koloniaal oud-gouverneur van de VOC factorijen op de kust van Coromandel was gesticht met geld dat hij had belegd in aandelen in de Bank van Engeland. Ook dit fonds werd van meet af beheerd oor enkele Utrechtse hoogleraren in de theologie. Toen na 1876 de kerkelijke hoogleraren aantraden, heeft het tot het begin van de twintigste eeuw geduurd, voordat ook zij medebeheerders mochten zijn van dit grootste en belangrijkste fonds voor buitenlandse theologie studenten te Utrecht.