De registratie van doop en huwelijk door de pastoor werd hier en daar en vooral in de steden al in de praktijk toegepast, toen het Koncilie van Trente haar in 1563 voorschreef *  . en de centrale Nederlandse regering te Brussel vervolgens meteen een ordonnantie dienaangaande uitvaardigde. Ook ten aanzien van de stad Utrecht hebben wij aanwijzingen voor een vroege registratie, doch de desbetreffende registers zijn verloren gegaan *  . Doordat betrekkelijk kort na het Trentse voorschrift de Hervorming werd doorgevoerd en de rooms katholieke kerk in het ongerede raakte, zijn wij niet goed op de hoogte van de feitelijke invoering van de registratie in de parochies.

In het Utrechtse is slechts één doop en huwelijksregister van vóór de invoering van de Hervorming in 1580 bekend, aangelegd door pastoor Gerrit Jeger te Abcoude en lopend over de jaren 1573-1578. Dank zij het feit dat de pastoor het meegenomen heeft en dat het nog dienst heeft gedaan voor een Maastrichtse parochie in de jaren 1580-1585 is het daar bewaard gebleven *  . Van de parochie Montfoort zijn enkele aantekeningen over huwelijk en overlijden van de hand van de vice cureit Cornelis Klaasz. van Velden bewaard uit 1581 en 1582, maar zij mogen de naam register niet dragen *  .

In 1568 besloten de Nederlandse Calvinisten op het zg. Konvent van Wezel tot eenzelfde registratie van doop en huwelijk en bovendien van lidmaten, overledenen en kerkeraadshandelingen *  . Door de langzame en halfslachtige manier van invoering van de Hervorming in Utrecht had de registratie bij de moeizaam ontstane hervormde gemeenten duidelijk niet de eerste prioriteit. In de op de provinciale synode van Utrecht van 1612 uitgevaardigde kerkorde werd het voorschrift, althans ten aanzien van de doop, nog eens uitdrukkelijk herhaald *  . Overigens is onze kennis omtrent de invoering van de registratie gebrekkig, omdat een aantal oude registers verloren is gegaan. Het oudste bewaarde doopregister van de hervormden in de provincie is dat van Amersfoort, aanvangend in 1579, d.w.z. vrijwel direkt na de stichting van de hervormde gemeente. Nog uit de 16e eeuw dateren verder slechts huwelijksregisters van de gemeenten te Amersfoort (1583), het toendertijd tot Holland behorende Oudewater (1585), Utrecht (1590) en Wijk bij Duurstede (1597) en een lidmatenregister van de gemeente te Waverveen (1592). De doopregistratie van de hervormde gemeente te Utrecht is slechts bewaard vanaf 1626, maar hier zijn zeker oudere registers aanwezig geweest.

Door de algemene desorganisatie van hun kerk duurde het bij de rooms katholieken aanzienlijk langer eer de registratie op gang kwam dan bij de hervormden. De bewaarde registers zijn gebrekkiger en slordiger, terwijl bovendien de voor de katholieken onstabiele periode van de 17e en 18e eeuw het verlies van registers in de hand heeft gewerkt. Door deze faktoren staat het aantal katholieke staties waarvan uit de eerste helft van de 17e eeuw registers tot ons zijn gekomen in schril kontrast met het aantal hervormde gemeenten, waarvan dit het geval is, nl. 1 statie (IJsselstein) tegen 33 hervormde gemeenten. De tweede helft van de eeuw geeft een gunstiger beeld te zien. Er zijn dan registers bewaard uit 25 staties, waaronder 10 staties in de stad Utrecht.

Bij de katholieken was de pastoor verantwoordelijk voor de registratie, bij de hervormden de kerkeraad, die het in de regel aan de predikant en soms aan de koster overliet. De meeste aandacht ging uit naar de registratie van doop en huwelijk, bij de hervormden overigens direkt gevolgd door de optekening van de lidmaten. Vooral aanvankelijk en in kleine gemeenschappen geschiedde de registratie in één boek, bij de hervormden een enkele maal zelfs in het register van de kerkeraadsacta, maar na verloop van tijd zette de differentiëring van de registers door. In de late 18e eeuw ontstond hier en daar de praktijk om een dubbele registratie te voeren, hetgeen het ontstaan gaf aan de zg. contra registers, een praktijk die in de 19e eeuw algemeen zou worden. Aan de registratie van overlijden werd over het algemeen minder aandacht besteed. Bij de katholieken overigens waren overlijdensregisters meer in voege dan bij de hervormden, die in het gunstigste geval volstonden met een aantekening in het lidmatenregister. Voor degenen, die geen belijdenis hadden gedaan en dus buiten het lidmatenregister bleven, werd de dood meestal op geen enkele wijze aangetekend.

Dat wij desondanks de overlijdensdatum van vele personen zo om en bij kunnen vaststellen is te danken aan de bewaarde administratieve gegevens over het begraven. Zij stammen uit de burgerlijke administratie van het kerkegoed. Het instituut van kerkmeesters, die de zorg droegen voor het materiële aspekt van de middeleeuwse parochie, was na de Hervorming blijven bestaan. Evenals vdór de Hervorming waren zij, nu fungerend ten behoeve van de hervormde gemeente, rekening en verantwoording schuldig aan de plaatselijke overheid, die hen ook aanstelde. Tot hun inkomsten behoorden de gelden wegens het begraven in de kerk en op het kerkhof. In de kerkmeestersrekeningen werden deze inkomsten meestal niet gespecificeerd, maar in vele gevallen zijn er registers van ontvangst van begraafrechten bijgehouden door de koster doodgraver. Soms ook werden periodieke lijsten van begraven personen opgemaakt en leggers van verkochte en nog te verkopen graven. Doordat de hervormde kerk met het kerkhof er omheen de officiële begraafplaats was, staande onder de bevoegdheid van de burgerlijke overheid, en de later gebouwde kerken van de katholieke staties slechts een officieus en aanvankelijk zelfs klandestien karakter hadden, vindt men in de begraafregisters van de hervormde kerken ook de aanhangers van andere christelijke stromingen, zoals de katholieken, opgetekend. Behalve voor de Joden, die hun eigen begraafplaats hadden, geldt dit niet voor de Hernhutters. Overal werd vrijwel direkt na de stichting van een evangelische broedergemeente voorzien in de aanleg van een Gottesacker, dienend tot begraafplaats van de kommuniteit. Door tegenwerking van de overheid bleek dit voor de in 1735 gestichte broedergemeente 's Herendijk niet mogelijk, zodat de leden van de kommuniteit in de hervormde kerk te IJsselstein moesten worden begraven. Het was een van de redenen waarom de gemeente in 1746 naar Zeist verhuisde, waar men de hoge heerlijkheid kocht en ook een eigen begraafplaats kon aanleggen.