In 1889 kwamen de drie nederlandse, de duitse en de zwitserse oud-katholieke bisschoppen te Utrecht bijeen, waar zij een permanente bisschoppenconferentie, de 'Unie van Utrecht', instelden onder voorzitterschap van de aartsbisschop van Utrecht. De Unie zou elke twee jaar vergaderen. De aangesloten kerken zouden in volle kerkelijke gemeenschap met elkaar staan; nieuwe leden konden bij eenstemmig besluit van alle deelnemers worden toegelaten. Ook gaven de bisschoppen een belangrijke verklaring over hun leerstellige grondslag uit, bekend geworden als de 'Utrechtse bisschoppenverklaring van 1889'. De belangrijkste punten daaruit waren: vasthouden aan het geloof van de oude, onverdeelde katholieke kerk van vóór het oosterse schisma van 1053 (waaronder het geloof in het ereprimaat van de paus); verwerping van de uitspraken van het concilie van Trente voor zover strijdig met de oude leer; verwerping van alle sinds 1053 uitgevaardigde bullen (bijvoorbeeld 'Unigenitus') voor zover strijdig met de oude leer; verwerping van de dogma's van de onbevlekte ontvangenis van Maria en van de onfeilbaarheid van de paus * 

De bisschoppenverklaring betekende voor de nederlandse oud-katholieke kerk een revolutie vergeleken met de conciliebesluiten van 1763, waarin nog wel het concilie van Trente en andere na 1053 gehouden concilies waren erkend en waarin aan de paus werkelijke macht was toegekend. De verklaring van 1889 markeerde een welbewuste, volledige breuk met Rome en effende de weg voor verbinding met andere kerken zoals de anglicaanse en de oosters-orthodoxe.

Tijdens het episcopaat van aartsbisschop Gul onderging de nieuwe kerk belangrijke interne veranderingen. De vasten- en zondagsplichten werden losgelaten (1900), de liturgie geschiedde vanaf 1909 in de moedertaal, er kwam in 1920 een andere, meer democratische organisatie met een uit priesters en leken bestaande synode, die meebeslist over de verkiezing van nieuwe bisschoppen, en in 1922 werd het priestercelibaat afgeschaft *  In dezelfde periode sloten zich meer kerken bij de Unie van Utrecht aan: de Pools-nationale kerk van Noordamerika, bestaande uit poolse emigranten, de kerk der Mariavieten in Polen zelf, en de tsjechische en joegoslavische oud-katholieke kerken.

Er werd ook contact gelegd met de anglicanen, die steeds vertegenwoordigd waren op de oud- katholieke congressen. In 1931 kwam een 'intercommunio in sacris' tot stand met de anglicaanse kerk, een beperkte intercommunie met de mogelijkheid tot uitwisseling van wijdingen en sacramenten. In 1961 werd dit omgezet in volledige intercommunie *  Met de oosters-orthodoxe kerken werden al vanaf 1891 besprekingen gevoerd en zelfs met de rooms-katholieke kerk is sinds de jaren zestig een dialoog op gang gekomen *  De bisschop van Deventer, Engelbertus Lagerwey, heeft zich bijzonder aktief betoond op het terrein van de interkerkelijke verhoudingen. Hij heeft zich ook volop ingezet voor het oud-katholieke verenigingsleven in Nederland, dat in de 20e eeuw een grote bloei kende.