Kerkrechtelijke voorschriften voor een deugdelijke vorming en opleiding van priesters dateren eerst uit de periode der Contra-Reformatie in de tweede helft van de zestiende eeuw. Tot die tijd kwamen de meeste kandidaten voor het priesterschap naar het wijdingsexamen met weinig meer in hun bagage dan datgene wat ze op de stedelijke Latijnse scholen en eventueel via het werken onder een ervaren priester hadden geleerd. De meesten van hen wisten van geloofs-en zedenleer, liturgie en kerkelijke praktijk daarom weinig meer als hun medeleerlingen van de stadsschool, en dat was niet veel. De klachten over het intellectuele (en zedelijke) peil van de clerus waren dan ook legio *  . Onder druk hiervan en van het succes van de hervormingsbeweging werd in de eerste helft van de zestiende eeuw de behoefte aan een geordende en systematische priesteropleiding steeds meer gevoeld. Enige pogingen in de richting van een seminarieopleiding waren in deze periode reeds met goed gevolg gerealiseerd.

Het Concilie van Trente (1545-1563) had als één van haar doelstellingen het uitbannen van het lage niveau der clerus en de mede als gevolg daarvan in de kerkelijke praktijk binnengeslopen misstanden. De vergadering onderschreef het belang in dit verband van een goede opleiding van de clerus en besloot daarom de nieuw ontwikkelde opleidingsvormen in de kerkorde op te nemen.

Een decreet van 1563 schreef de oprichting voor in elke bisschopsstad van een instelling voor de opleiding van de diocesane geestelijkheid. Als grondslag voor het decreet diende een ontwerpschets van de Engelse kanunnik Reginald Pole. Deze introduceerde voor de door hem uitgedachte diocesane opleidingsvorm de term 'seminarium', in plaats van het tot dan voor opleidingen veelal gebruikte 'collegium' *  .

Het decreet beoogde voor elk diocees een instituut in de vorm van een internaat, waar kandidaat-priesters van jongs af aan in afzondering van de buitenwereld hun opvoeding en opleiding zouden genieten, hoewel het volgen van de gymnasiale vooropleiding aan een seminarie niet dwingend werd voorgeschreven. Het decreet ging hierbij uit van één ongedeelde opleiding; de later toegepaste splitsing in afdelingen onder de namen klein-seminarie (gymnasiale vooropleiding) en groot-seminarie (theologicum) strookte dus niet met dit decreet en was daarom kerkrechtelijk niet zuiver op de graat, tot paus Pius IX deze constructie in 1849 alsnog goedkeurde *  .

Voor de Noordelijke Nederlanden kwamen de initiatieven van het Concilie te laat. De opstand tegen het Spaanse gezag bracht in dit gebied de calvinisten aan het bewind, die hun kerk tot publieke kerk maakten. Vanaf 1572 werd de uitoefening van de katholieke eredienst in alle bij de opstand aangesloten gewesten verboden; de katholieken moesten ondergronds. Na de dood van aartsbisschop Schenk van Toutenburg in 1580 verdween de bisschoppelijke hiërarchie tot 1853, dus voor bijna drie eeuwen, van het toneel; De Republiek der Verenigde Nederlanden werd in Vaticaanse ogen een missiegebied. Deze periode staat bekend als die der Hollandse Zending.

De katholieken in het gebied der Zending stonden tot in de vroege achttiende eeuw onder leiding van pauselijke vertegenwoordigers met uitgebreide gedelegeerde bevoegdheden, de apostolisch vicarissen, en vervolgens (vanaf 1727) onder die van als vice-superior aangewezen nuntii. De eerste apostolisch vicarissen, met name Sasbout Vosmeer (1592-1614) en Philippus Rovenius (1614-1651), kregen ondanks de voor de katholieken precaire situatie weer een zekere organisatie van de grond. Het zendingsgebied werd verdeeld in aartspriesterschappen onder leiding van aartspriesters. Hun bevoegdheden lagen ten tijde van de apostolisch vicarissen uitsluitend op het administratief-intermediaire vlak. Pas na de vervanging van de apostolisch vicarissen door vice-superiors in het begin van de achttiende eeuw werd hun takenpakket en daarmee hun invloed uitgebreid. Onder de aartspriesters fungeerden op locaal niveau seculiere en reguliere geestelijken vanuit hun standplaatsen of staties, die zo het door het wegvallen van de oude parochies ontstane vacuüm trachtten op te vullen.

Een priesteropleiding in de geest van Trente kwam in de Noordelijke Nederlanden echter niet van de grond. Een aanzet daartoe was er echter wel. Al in 1568 benoemden de aartsbisschop van Utrecht en de vijf kapittels in die stad een aantal 'gecommitteerden tot het seminarie'. Hun poging tot inrichting van een 'seminarium sacrosancti Concilii Tridentini' in de gebouwen van de Hieronymusbroeders te Utrecht leed echter schipbreuk *  .

Voor de gymnasiale opleiding (humaniora) was en bleef men afhankelijk van particuliere priesters of de katholieke Latijnse scholen in de Generaliteitslanden (Gemert, Grave). Voor de hogere theologische opleiding was men aangewezen op in het buitenland gelokaliseerde, maar grotendeels wel onder Nederlandse leiding staande instituten.

Een kleine tijdelijke uitzondering hierop vormde een opleiding die de Haarlemse kanunnik Albertus Eggius in 1592 begon in Amsterdam (kort daarna verplaatst naar Haarlem). Hieraan kwam echter een einde toen Eggius begin zestiende eeuw de leiding kreeg over het Collegium Alticollense te Keulen, een priesteropleiding die in 1602 door apostolisch vicaris Sasbout Vosmeer in het leven was geroepen ten behoeve van studenten uit de Noord-Nederlandse gewesten buiten Holland. Nadat een legaat van Eggius een verbouwing mogelijk had gemaakt bood deze opleiding plaats aan ca. veertig studenten. In 1673 verplaatste apostolisch vicaris Van Neercassel de opleiding naar Huissen, waar de gemeenschap echter niet tot bloei kwam. In 1683 werd het instituut, met behoud van de naam 'Alticollense' gevestigd te Leuven, te beschouwen als het wetenschappelijk centrum van de Generaliteitslanden. Hier bevond zich al sinds 1617 het voor de priesterstudenten uit Holland en Zeeland bestemde college 'Pulcheria', beheerd door het Haarlems kapittel (met Cornelius Jansenius als eerste president!).

Beide opleidingen, met de hieraan verbonden studiebeurzen, bleven hier bestaan tot ze in 1797 met de universiteit van Leuven werden gesloten *  .
Behalve aan dit instituut studeerden vanaf het midden van de zeventiende eeuw kandidaat priesters uit het zendingsgebied aan het in 1627 gestichte Collegium Urbanum te Rome, een creatie van de Congregatio de Propaganda Fide. Tenslotte waren er het seminarie te Emmerik en het in 1662 te Dowaai gestichte Onze Lieve Vrouwecollege; hier afgestudeerde priesters bemanden met name de parochies in Gelre en Kleef *  .

Hoewel de situatie voor de katholieken binnen de Zending gedurende de achttiende eeuw geleidelijk verbeterde en men steeds meer vrijheden kreeg, dateren de eerste 'binnenlandse' theologica pas uit de periode na de inval der Fransen en de vestiging van de Bataafse Republiek in 1795. In 1797 werden onder druk van Franse maatregelen in de Zuidelijke Nederlanden de opleidingen van Antwerpen en Roermond verplaatst naar respectievelijk Breda en Nijmegen. In 1798 startten twee hoogleraren van de (gesloten) universiteit van Leuven een opleiding in 's-Hertogenbosch, die een jaar later werd verplaatst naar St. Michielsgestel. Het aartspriesterschap Holland en Zeeland begon in april 1799 een opleiding te Warmond.

De overige aartspriesterschappen waren afzonderlijk niet in staat een theologicum van de grond te krijgen. Zij huurden derhalve gezamenlijk het kasteel van 's-Heerenberg, waar in oktober 1799 een opleiding van start ging voor priesters in spe uit de aartspriesterschappen Friesland, Groningen, Salland-Drenthe, Twente, Gelderland en Utrecht *  . Dit instituut werd, met name door onderlinge naijver, in 1842 weer gesloten; de theologanten uit het gehele missiegebied waren nu op het groot-seminarie te Warmond aangewezen.

In 1853 werd middels de bul 'Ex qua die' de bisschoppelijke hiërarchie hersteld. De nieuwgevormde Nederlandse kerkprovincie telde vijf bisdommen: het aartsbisdom Utrecht en de suffraganen Haarlem, Roermond, Breda en Den Bosch. Het aartsbisdom ontbeerde op dat moment als enige een eigen diocesane priesteropleiding. Indachtig het conciliebesluit van 1573 zorgde aartsbisschop Zwijsen dat dit van korte duur was. Met de opening van het groot-seminarie te Rijsenburg in 1857 voldeden alle Nederlandse bisdommen aan de 'Trente-norm' wat betreft het bezit van een diocesaan theologicum.

De oprichting van klein-seminaries in het gebied van de Zending volgde eerst nadat bij wet van 1815 vrijheid van onderwijs werd gegeven aan een ieder die zich daartoe geschikt achtte. Het initiatief voor de oprichting van deze kostscholen lag bij religieuze orden of bij particulieren. Als eerste startte in 1817 voor het aartspriesterschap Holland en Zeeland het klein-seminarie Hageveld bij Driehuis-Velsen. Ten behoeve van de overige aartspriesterschappen werd in 1820 door de aartspriester van Utrecht, Gerrit van Nooy, de in 1818 door de jezuïeten begonnen Latijnse school te Culemborg officieel als klein-seminarie aangewezen *  .

In 1825 werden op last van koning Willem I alle klein-seminaries gesloten. Kandidaat-priesters dienden, voor ze op een groot-seminarie werden toegelaten, voortaan weer de gewone Latijnse school te doorlopen, en aansluitend twee jaar wijsbegeerte, kerkgeschiedenis en kerkrecht te volgen op het door de koning nieuw opgerichte Collegium Philosophicum te Leuven. Deze studie te Leuven werd reeds in 1829 weer facultatief gesteld. Kort daarop konden aan aantal klein-seminaries worden heropend, waaronder Hageveld in 1831 *  . Culemborg moest wachten tot 1841. Dit seminarie werd na 1853 door aartsbisschop Zwijsen als aartsbisdommelijk klein-seminarie beschouwd (pas in 1906, na de overname van het instituut door de seculiere geestelijkheid, werd het in ware zin 'diocesaan').