Vóór het jaar 1566 gingen hervormingsgezinden uit de stad Utrecht vooral naar Vianen en Culemborg, waar de heren van die plaatsen de kerken voor hervormde godsdienstoefeningen beschikbaar hadden gesteld. In 1566 ging men er toe over hagepreken te houden net buiten de stad, maar dit bevredigde op de duur niet. Daarom drongen de Amsterdamse koopman Dirk Cater en Jacob Conzijnsz. er bij de stedelijke raad op aan, twee kerken voor hun geloofsgenoten in te richten. De raad besloot daarop advies in te winnen bij Willem van Oranje. Daarmee namen de leiders genoegen, voor velen echter was dit het sein om de Buurkerk, de kloosters van de Minderbroeders en de Predikheren, en de Jacobikerk te plunderen. Later in het jaar werd de Jacobikerk toegewezen aan de Hervormingsgezinden, maar na twee weken moest de kerk weer worden prijsgegeven. Alva's komst in 1567 en de Spaanse bezetting van het fort Vredenburch betekenden vervolging van de beeldenstormers en krachtige handhaving van de rooms katholieke religie.

In 1577 kwam er enige verlichting nadat de Spanjaarden Vredenburch hadden verlaten en Oranje opnieuw als stadhouder was erkend.

Vanaf 1577 preekte Hubert Duifhuis in de Jacobikerk in protestantse geest; hij veranderde echter niets aan de organisatie. Deze tolerante pastoor had weinig op met de radicale Calvinisten. Door deze houding werd hij populair bij een groot deel van de gegoede burgerij en de magistraat. De Calvinisten daarentegen, die ook wel Consistorialen genoemd werden wegens hun organisatievorm (consistorie = kerkeraad), telden hun aanhangers vooral onder de lagere bevolkingsgroepen. Zij hielden in 1578 samenkomsten in een huis aan de Donkerstraat en in een schuur in de Nicolaasparochie.

De niet door de magistraat erkende Consistorialen voelden zich benadeeld ten opzichte van de Jacobigemeente. Met de hulp van Petrus Datheen namen zij in augustus 1578 de leegstaande Minderbroederskerk in bezit, waarbij de raad zich neerlegde. Duifhuis voelde zich in 1578 verplicht zijn gemeente te verlaten, omdat hij in strijd predikte met de Pacificatie van Gent, die handhaving van de katholieke religie bepaalde. Enkele maanden daarna keerde Duifhuis terug nadat de raad zijn gemeente had gelegaliseerd.

De stedelijke religievrede van januari 1579 stelde traktementen in het vooruitzicht voor Duifhuis en de predikant van het Consistorie, Helmichius.

In juni verkregen de Calvinisten de Buur- en de Nicolaïkerk. In 1580 kondigde de stedelijke raad eigenmachtig het verbod van de katholieke eredienst af. Triomfantelijk bezetten de Calvinisten daarop de Domkerk, waarover zij vanaf 15 januari 1581 definitief konden beschikken.

Ondanks herhaaldelijk aandringen van het Consistorie, vooral van Helmichius en Moded, kwam het niet tot een samenwerking met de Duifhuisianen. Toen Leicester in 1586 zich in Utrecht vestigde, liet hij beide partijen op 26 april achttien artikelen tot vereniging ondertekenen. Eén van de beide predikanten van de Jacobikerk, Duifhuis, was in 1581 overleden, kon het daarmee niet eens zijn en vertrok.

Verdere calvinisering was mogelijk doordat Leicester, gesteund door calvinistische "democraten", de vroedschap had gewijzigd.

Met Leicester viel zijn "democratische" partij en in 1589 ontsloeg de nieuwe adellijk-patricische vroedschap alle vier predikanten waaronder Wtenbogaert. Ook de ouderlingen en de diakenen werden vervangen.

De Utrechtse Staten vaardigden in 1593 een verordening uit, waarbij de "Nederduitsche Gereformeerde Gemeynte" te Utrecht volledig onderworpen was aan de overheid. Het duurde tot 1619 voordat de gemeente officieel in het verband van de Nederduitsch Gereformeerde Kerk was opgenomen. Langzamerhand werden de tegenstellingen tussen Remonstranten en Contra-Remonstranten zichtbaar. Na de tijdelijke machtswisseling ten gunste van de lagere bevolkingsgroepen in 1610, gingen strenge Calvinisten naar Jutphaas ter kerke omdat zij door de predikanten gekritiseerd werden om hun aandeel in de onlusten van 1610. De volgende jaren nam het aantal "bedroeffde lidtmaten", d.w.z. Contra-Remonstranten, dat naar Jutphaas ging, toe. In juli 1618 kregen de bedroefden de Buurkerk, later de Domkerk en tenslotte als gevolg van de Dordtse Synode van 1618 alle kerken tot hun beschikking.

Omstreeks 1658 protesteerde de hoogleraar Voetius tegen het gebruik van de inkomsten uit de kapittelgoederen door de kanunniken. De kapittels waren gereformeerd en Voetius vond het beter dat de inkomsten ten dienste van de kerk zouden komen. Deze zienswijze werd gedeeld door de predikanten Teeling en Van de Velde, die omdat zij het kerkvolk er in betrokken, ontslagen werden. Tevens werd de kerkeraad gedwongen twee commissarissen van stadswege tot zijn vergaderingen toe te laten. Tot ca. 1795 werden er "commissarissen politiek" afgevaardigd.

De Staatsregeling van 1798 bracht de scheiding van kerk en staat tot stand, wat met zich meebracht dat de kerkeraad financieel op zich zelf werd aangewezen. Definitief was de scheiding nog niet, hetgeen bleek uit de uitvaardiging door Willem I van het Algemeen reglement voor het bestuur der Ned. Hervormde Kerk in 1816. In de loop van de vorige eeuw ontstonden grieven tegen dit reglement. De voornaamste waren: de belijdenis van de kerk kwam nauwelijks naar voren, waardoor "verlichte" prediking mogelijk werd, en de zelfstandigheid van de plaatselijke gemeente was in het gedrang gekomen door de instelling van hogere kerkbesturen. Deze bezwaren waren mede de oorzaak van conventikelvorming en tenslotte van de Afscheiding van 1834. In Utrecht kregen de afgescheidenen in ds. H.P. Scholte een leider. De Doleantie werd op 23 maart 1887 in Utrecht een feit, toen dertien leden van de Algemene Kerkeraad de vergadering verlieten nadat hen de schorsing door het Provinciaal Kerkbestuur was voorgelezen (zie inv. nr. 31).

Door de bevolkingsgroei behoefde de kerkeraad steeds uitbreiding. Waren er in 1834 ca. 25.800 hervormden, in 1924 stonden 64.594 personen als hervormd te boek. Het aantal leden van de Algemene Kerkeraad steeg van zevenenveertig in 1834 tot tachtig in 1924, waaronder resp. negen en veertien predikanten.