Aan het begin van de achttiende eeuw waren er twee controversen, die de katholieken in de Republiek verdeelden. De eerste was kerkrechtelijk van aard en dateerde al vanaf de Opstand. Het ging in essentie om de vraag, wat nu precies de positie van de katholieke kerk onder het protestantse bewind was. De tweede was theologisch van aard en behelsde de strijd tussen de geestverwanten van Cornelius Jansenius en zijn tegenstanders, vooral te vinden onder de jezuïeten.

Na de Opstand was een normaal functioneren van de in 1559 ingestelde nieuwe bisschoppelijke hierarchie onmogelijk geworden. De bisschopszetels waren in de jaren zeventig en tachtig van de zestiende eeuw alle vacant geraakt doordat de bisschoppen waren gevlucht of overleden. De laatste Utrechtse aartsbisschop Schenk van Toutenburg stierf in 1580. In 1583 benoemde Johannes van Bruhesen, als deken van het Domkapittel sede vacante belast met het bestuur, vanuit zijn ballingsoord Keulen de priester Sasbout Vosmeer tot zijn plaatsvervanger, met de titel vicaris- generaal. Een jaar later kreeg Vosmeer tevens de bestuursmacht in het bisdom Middelburg in delegatie van de uitgeweken bisschop Johan van Strijen. In hetzelfde jaar kreeg hij van de nieuw benoemde pauselijke nuntius te Keulen volmachten voor het bestuur van de hele kerkprovincie Utrecht. In 1592 volgden uitgebreider volmachten en noemde paus Clemens VIII Vosmeer 'apostolisch vicaris van de Hollandse Zending'. Daarmee gaf hij te kennen, dat hij hem aan het hoofd had gesteld van het hele gebied, dat onder ketters bewind was gekomen en dat hij voortaan als missiegebied beschouwde. In 1596 werd de Hollandse Zending onder de nieuw opgerichte Brusselse internuntiatuur geplaatst. In 1602 tenslotte werd Vosmeer tot bisschop gewijd.

Uit angst om aanstoot te geven aan de protestantse overheid en ook om aartshertog Albertus van Oostenrijk, die eigenlijk nog het voordrachtsrecht had, niet voor het hoofd te stoten, gaf de paus hem niet de titel 'aartsbisschop van Utrecht', maar 'aartsbisschop van Philippi', een titel in partibus infidelium * 

In de loop van de zeventiende eeuw bleek nu, dat er verschillende visies mogelijk waren op de positie van Vosmeer en zijn opvolgers. Volgens de apostolisch vicarissen zelf en de meeste wereldlijke geestelijken en katholieke leken in de Republiek waren zij in wezen aartsbisschoppen van Utrecht, de opvolgers in rechte lijn van Willibrord. Slechts om politieke redenen voerden zij hun titel niet openlijk.

Volgens de tegenovergestelde, ultramontaanse kerkopvatting daarentegen had het aartsbisdom Utrecht, nadat het onder ketters bewind was gekomen, als zodanig opgehouden te bestaan. De apostolische vicarissen hadden in deze visie een veel afhankelijker positie dan die van bisschop. Zij stonden aan het hoofd van het zendingsgebied Holland en ontvingen hun bevoegdheden in delegatie van de pauselijke nuntius, die weer de directe afgevaardigde was van de paus. Deze opvatting werd gehuldigd door de pauselijke curie en de reguliere geestelijken, vooral de jezuïeten, die hun opleiding hadden genoten aan het Collegium Urbanum van de Congregatio de Propaganda Fide te Rome * 

Verband houdend met de positie van de vicaris was er de kwestie van de rechten van het vicariaat van Utrecht, dat door apostolisch vicaris Rovenius in 1633 was opgericht uit de restanten van de oude kapittels. Was dit slechts een raadgevend college van de apostolisch vicaris in het zendingsgebied, zoals de pausgezinden meenden? Of was het vicariaat de rechtsopvolger van de oude kapittels met alle daarbij behorende rechten, zoals het recht een nieuwe bisschop te kiezen en het bisdom sede vacante te besturen? De vicaris, de leden van het vicariaat zelf en de meeste andere wereldlijke geestelijken huldigden de laatste opvatting. In de loop van de zeventiende eeuw kwamen de twee partijen, seculieren en regulieren, steeds feller tegenover elkaar te staan * 

Het tweede grote geschilpunt tussen de beide partijen was, zoals al werd aangestipt, dogmatisch- theologisch van aard en werd in de Republiek geïmporteerd vanuit Frankrijk en de Zuidelijke Nederlanden. Het betrof de leer van het jansenisme, genoemd naar Cornelius Jansenius, professor in de theologie te Leuven en bisschop van Ieper. Jansenius interpreteerde in zijn boek Augustinus (1640) de genadeleer van de kerkvader in die zin, dat de menselijke vrije wil ondergeschikt was aan de goddelijke genade. Daarmee stonden hij en zijn volgelingen diametraal tegenover de leer van de Spaanse jezuiet Molina, die inhield dat de mens met hulp van de goddelijke genade uit eigen vrije wil het heil kon bereiken *  Tussen de beide partijen ontbrandde een hevige strijd, waarbij elk trachtte het gezag van de paus voor zijn doel in te schakelen. Aanvankelijk werd deze machtsstrijd gewonnen door de jezuieten.

In 1665 en 1713 vaardigden de pausen Alexander VII en Clemens XI belangrijke bullen tegen de jansenisten uit, die de geschiedenis zouden ingaan als 'Formulier van Alexander VII' en 'Unigenitus'. Om politieke redenen werden de tegenstanders van deze bullen door de franse koningen Lodewijk XIV en XV vervolgd. Velen van hen, onder wie de beroemdheden Antoine Arnaud en Pasquier Quesnel, weken uit naar het buitenland, en kwamen tenslotte in de Republiek terecht, waar zij een rol van betekenis speelden in de gebeurtenissen die daar volgden *