Steenoven overleed twee jaar na zijn verkiezing op 3 april 1725. Zijn opvolger, Cornelis Johannes Barchman Wuytiers, werd eveneens door bisschop Varlet gewijd. In kringen van de Cleresie zag men wel in, dat deze afhankelijkheid van één buitenlandse bisschop voor wijdingen op den duur te riskant was en begon men te denken aan suffraganen, om de apostolische successie te verzekeren. Het meest voor de hand liggend was de verkiezing van een bisschop van Haarlem. Barchman Wuytiers, die zich beschouwde als vicaris sede vacante van Haarlem, spoorde het Haarlemse kapittel aan om een bisschop te kiezen. Aangezien dit college zichzelf na het verbod door de paus van 1703 op non-actief had gesteld, reageerde het tot tweemaal toe niet. Opnieuw was het de geleerde Van Espen die het verlossende woord sprak.

Volgens hem verwaarloosde een kathedraal kapittel, dat weigerde een bisschop te kiezen, zijn plicht en was het daarom krachtens het devolutierecht de taak van zijn onmiddellijke meerdere om een bisschop te benoemen en te wijden. Door deze theorie gesterkt kozen Barchman en het Utrechtse kapittel op 26 mei 1727 Theodorus Doncker, pastoor te Amsterdam, tot eerste bisschop van Haarlem sinds 1578 *  In 1758 werd ook de zetel Deventer weer bezet. Voor deze bisdommen golden de grenzen, zoals die in 1559 bij de kerkelijke herindeling waren vastgesteld. De wijding van een bisschop van Deventer onderstreepte dat het vooral ging om de verzekering van de apostolische succesie. Het bisdom telde geen parochies die de Cleresie volgden, en zodoende had de bisschop van Deventer wel de jurisdictie over zijn diocees, maar geen clerus of gelovigen.

In 1725 werd een eigen seminarie te Amersfoort opgericht, nadat het beheer van de twee priestercolleges te Leuven in Rome-getrouwe handen was overgegaan. De Kerk van Utrecht beschikte nu over een eigen priesteropleiding en eigen bisschoppen, en was daarmee voor haar voortbestaan onafhankelijk geworden van buitenlandse hulp. Wel bleef zij zich beschouwen als onderdeel van de katholieke kerk. Elke nieuwe verkiezing van een bisschop werd consequent aan Rome ter bevestiging voorgelegd, waarop de paus even consequent antwoordde met excommunicatie van de betrokkene.

In leer en liturgie week de Kerk van Utrecht in het geheel niet af van de rooms-katholieke kerk. Toch kozen de nederlandse priesters en gelovigen, na de definitieve breuk tussen Utrecht en Rome, in groten getale voor de zijde van de Hollandse zending. Het verbod door de paus en de angst, dat sacramenten toegediend door de 'afvallige' priesters niet geldig zouden zijn, speelden hierbij een grote rol. Het aantal getrouwen van de Kerk van Utrecht omstreeks het midden van de eeuw wordt meestal rond de 10.000 geschat op een totaal van ongeveer 185.000 communicanten in de Hollandse Zending * 

De kleine Kerk van Utrecht moest zich, om te voorkomen dat ze in een isolement zou raken, op het buitenland oriënteren. Vooral met franse en zuidnederlandse geestelijken onderhield ze intensieve contacten. Vele appellanten en andere tegenstanders van de bul 'Unigenitus' verbleven voor korte of langere tijd in Nederland. Onder deze vluchtelingen waren een groep karthuizers uit verschillende franse abdijen en vijftien cisterciënzers uit de abdij te Orval (Belgisch Luxemburg). Zij plaatsten zich onder de jurisdictie van aartsbisschop Barchman en vestigden zich in de buurt van Utrecht, de karthuizers in het klooster Schonauwen bij Houten, de cistercinzers op het landgoed Rijnwijk bij Wijk bij Duurstede. Op Rijnwijk verbleven ook andere refugiés, zoals bisschop Varlet en later de uit Lyon afkomstige kanunnik Gabriel Dupac de Bellegarde. Dupac maakte zich onmisbaar voor de Kerk van Utrecht door haar geschiedenis te schrijven, relevante bronnen uit te geven en contacten met buitenlandse prelaten en andere hoogwaardigheidsbekleders te onderhouden. Een onderdeel van deze laatste taak, de correspondentie met buitenlandse sympathisanten, nam zijn vriend Jean-Baptiste Mouton na zijn dood in 1789 van hem over * 

De invloed van de uitgeweken Fransen en Zuidnederlanders bleek vooral uit de strijd rond de woekerkwestie, die in de boezem van de kerk uitbrak. De Fransen, die zeer streng waren op het gebied van de moraaltheologie, leerden dat rente vragen over geldleningen woeker was en als zodanig in de bijbel werd veroordeeld. Aartsbisschop Barchman Wuytiers, die in Parijs was opgeleid, was het daarmee eens, in tegenstelling tot de overgrote meerderheid van de geestelijkheid. Barchmans opvattingen, gevoegd bij zijn autoritaire houding tegenover het kapittel van Utrecht, leidden tot een breuk met dit college. Pas na de dood van Barchman zouden de betrekkingen tussen aartsbisschop en kapittel weer worden hersteld * 

De pogingen om aan het dreigend isolement te ontkomen werden onder de krachtige aartsbisschoppen Petrus Johannes Meindaerts (1739-1767) en Walther Michael van Nieuwenhuyzen (1767-1797) hernieuwd. Onophoudelijk trachtten zij de vrede met Rome te herstellen en zochten zij steun voor de eigen standpunten bij andere europese katholieken. Daarbij bleven zij echter vasthouden aan de afwijzing van Bul en Formulier, en aan de erkenning van het gezag van een algemeen concilie boven dat van de paus * 

In het kader van het streven naar erkenning door Rome moet ook het bijeenroepen van een provinciaal concilie te Utrecht, in september 1763, worden gezien. In de Acta van het concilie werd een sterke nadruk gelegd op de aanvaarding van het primaat van de paus 'krachtens goddelijk recht' *  Hoewel de Kerk van Utrecht naar aanleiding van deze aan katholieke geestelijken en vorsten toegezonden Acta veel bijvalsbetuigingen ontving, werd de zo gewenste vrede met Rome niet bereikt. Clemens XIII veroordeelde de besluiten bij decreet van 30 april 1765: de deelnemende bisschoppen waren onwettig gekozen en de kerkprovincie Utrecht bestond als zodanig niet meer. Ook verschillende aartsbisschoppen en bisschoppen oordeelden negatief *  Vier jaar na het concilie van Utrecht, in 1767, overleed aartsbisschop Meindaerts. Onder zijn opvolger, Walter Michael van Nieuwenhuyzen, werden weer verschillende verzoeningspogingen met Rome ondernomen. Door de plotselinge dood van Clemens XIV in 1774 gingen de uiteindelijke vredesbesprekingen echter niet door * 

Intussen liepen de aantallen priesters en gelovigen verder terug. Volgens schattingen bedroeg het aantal leden van de Cleresie in de periode 1775-1800 vijf- tot tienduizend, tegenover ongeveer 230.000 communicanten van de Hollandse zending *