De collectie familiepapieren is in januari 1967 door mr. Constant Theodoor Emmo graaf van Lynden van Sandenburg aan het algemeen rijksarchief ten geschenke gegeven door bemiddeling van mevr. drs. E.P. de Booy. Een gedeelte was daarvan afscheiden en in het rijksarchief in de provincie Utrecht geplaatst. Bij de inventarisatie van het "Haagse deel" bleek, dat samenvoeging met het "Utrechtse deel" vanuit archivistisch standpunt wenselijk was. Na voltooiing van de inventaris is het "Haagse deel" dan ook naar het rijksarchief in Utrecht overgebracht.

Bij het inventariseren werd in het geheel geen oude orde aangetroffen, behoudens enige min of meer toevallig bijeengebleven bundels, zodat een geheel nieuw archiefschema opgesteld kon worden. Uitgangspunt daarbij was het herkomstbeginsel, evenwel met twee uitzonderingen, die overigens bij de ordening van familiearchieven wel vaker gehanteerd worden:
1. Stukken betreffende onroerende goederen zijn niet geplaatst bij de persoon of personen die deze goederen achtereenvolgens bezeten hebben, doch zijn in een afzonderlijke afdeling ondergebracht, geordend naar de onderscheidene goederen.
2. Stukken betreffende het overlijden van een persoon en betreffende de uitvoering van diens testament worden - tenzij uitdrukkelijk blijkt dat ze voor één bepaalde erfgenaam bestemd waren - aangemerkt als behorend tot het archief van de gezamenlijke erfgenamen c.q. executeurs-testamentair. Daar deze inventaris grotendeels naar personen is ingedeeld, zijn de betrokken stukken gemakshalve bij de overledene, tevens erflater ondergebracht.

De familie Van Lynden van Sandenburg heeft naast het eigen archief ook geruime tijd de archieven beheerd van de uitgestorven aanverwante families Van Spaen, Van Nassau la Lecq en Van Persijn. Ten gevolge van de gebrekkige archiefverzorging heeft enige vermenging plaatsgevonden tussen de gelijktijdig op Sandenburg berustende archieven. Het familiearchief Van Nassau la Lecq is omstreeks 1890 verenigd met dat van de "Maatschappij van Nassau la Lecq tot exploitatie van onroerende goederen" en haar rechtsvoorgangers, waarna het in 1947 overgedragen is aan het algemeen rijksarchief. Het familiearchief Van Spaen is in 1940 aan de Hoge Raad van Adel overgedragen. Met de beheerders van beide archieven is overeengekomen deze verspreide stukken te brengen naar het archief waar ze, met inachtneming van het herkomstbeginsel, thuishoren. Ook de stukken die tot andere archieven behoren dan beide bovengenoemde, zijn buiten de inventaris gehouden en naar die archieven teruggebracht. Een concordantie van ingevoegde stukken is opgenomen als bijlage 2.

Het archief van de familie Van Persijn is het derde dat door vererving aan de Van Lyndens is gekomen. Het is het minst bekende en minst omvangrijke van de drie, hetgeen waarschijnlijk de oorzaak is geweest, dat het niet van het eigen familiearchief is afgesplitst. Analoog aan de vroegere afsplitsingen is nu ook het familiearchief Van Persijn als afzonderlijk archief geordend, maar wel in één inventaris beschreven. Hierdoor is zowel de verbondenheid met het archief Van Lynden van Sandenburg tot uiting gebracht, als het zelfstandige karakter ervan.