Voorvader in rechte lijn van de Utrechtse staak was Jan Dircksz. van Beuningen (1560-1629), de oudere broer van de eerdergenoemde burgemeester Geurt Dircksz. van Beuningen. Hij begon zijn loopbaan in de handel en was in de jaren 1617-1627 in stedelijke dienst als bode een afslager van de Amsterdamse Weeskamer. Jan trouwde in 1583 met Maritge Servaesdr (ca. 1561-1625). Uit hun huwelijk werden tenminste zeven kinderen geboren, van wie Daniel Jansz. van Beuningen (ca. 1602-1656) het geslacht voortzette. In 1627 volgde hij zijn vader op als bode en afslager van de Weeskamer. Het was Jan en Daniel toegestaan veilingen voor particulieren te houden. Aanvankelijk hebben deze veilingen vooral Daniel geen windeieren gelegd en kocht hij kapitale panden in Amsterdam. Later kwam hij in financiële moeilijkheden en verhuisde naar Hoorn waar hij tot zijn overlijden heeft gewoond.
Daniel is tweemaal getrouwd geweest. Uit zijn in 1625 voltrokken huwelijk met Neeltje Claesdr Spaerooch (1602-1636) werd in 1635 hun zoon Jan/Johannes van Beuningen geboren. Hij was de in het begin van dit historisch overzicht genoemde Jan van Beuningen (1635-1686) die in 1663 te Emmerik trouwde met Jacquelijntje van de Sandt/Sande. Over zijn jeugd en opleidingsjaren is weinig bekend. In 1661 liet hij zich aan de universiteit van Franeker inschrijven voor een studie in de medicijnen, welke opleiding hij daar niet heeft voltooid. Mogelijk heeft hij nog enige tijd rechten gestudeerd en deel uitgemaakt van het Staatse Leger, waardoor hij in de vestingstad Geertruidenberg heeft vertoefd en vervolgens in Emmerik terecht kwam.

Doordat de archieven van Emmerik in de Tweede Wereldoorlog verloren zijn gegaan, was (vooralsnog) niet te achterhalen waarmee Jan van Beuningen in zijn Emmerikse jaren de kost verdiende. In of vóór 1674 werd hij door de Staten van Holland aangesteld als Collecteur van de Turf- en de Kolenaccijns te Amsterdam, welk ambt hij tot zijn overlijden in 1686 bekleedde. Zijn in Emmerik geboren zoon Johannes/Jan van Beuningen (1669-1724) was als wijnkoper/wijnkuiper in Amsterdam actief. Uit diens tweede huwelijk met Trijntje van Tol kwam de timmerman Jan van Beuningen (1713-1778) voort, die eveneens tweemaal trouwde. Jan en zijn tweede vrouw Grietje Bredero (1722-1803) kregen zes kinderen waarvan slechts één zoon en één dochter de volwassenheid bereikten: Samuel (1760-1834) en Maria Cornelia (1762-1843).

De in 1760 te Amsterdam geboren Samuel van Beuningen brak met de traditie van het vrije ondernemerschap, verliet zijn geboortestad en ging in Utrecht theologie studeren. Hij vormt de eerste in een reeks van drie generaties predikanten ten dienste van de Nederlandse Hervormde kerk. Zowel zijn zoon Johannes Jacobus van Beuningen (1783-1813) en zijn kleinzoon Willem van Beuningen (1811-1899) studeerden theologie in Utrecht en hebben diverse Hervormde gemeenten als predikant gediend. Na zijn emeritaat was Willem van Beuningen lid van de 'Staatscommissie tot een Wettelijke regeling der Vicariegoederen'. In deze functie heeft hij intensief kerkhistorisch onderzoek verricht waarvan de aantekeningen en resultaten in het familiearchief bewaard zijn gebleven. Ook deed hij onderzoek naar de staatsman Coenraad van Beuningen (1622-1693) en naar de afkomst van zijn echtgenote Maria Adriana Boonen (1817-1876). Willem en Maria Adriana hadden vier volwassen geworden zonen, die geen van allen belangstelling voor de godgeleerdheid hadden.

Hendrik Adriaan van Beuningen (1841-1908) was de enige zoon uit het predikantengezin die het geslacht voortzette. Hij pakte de ondernemerstraditie van zijn voorouders weer op en is de geschiedenis in gegaan als een zeer succesvol zakenman, bestuurder en filantroop. In 1858 werd hij volontair op het Weesperstation van de Nederlandsche Rhijnspoorwegmaatschappij in Amsterdam. Hendrik Adriaan maakte carrière bij de spoorwegen en werkte afwisselend in Rotterdam, Utrecht en Amsterdam. Eén van zijn patroons was Daniël George Bingham, die voor de Britse aandeelhouders van de Rhijnspoorwegmaatschappij orde op zaken moest brengen in dit verlieslijdende bedrijf. Hendrik Adriaan raakte geëngageerd met de in Kelmscott wonende Ann Lavinia Brain (1847-1943), een jongere zuster van Binghams echtgenote. In 1866 trouwde hij met haar in Londen. Zij kregen dertien kinderen, van wie er drie op jonge leeftijd stierven.

In 1873 werd Hendrik Adriaan van Beuningen chef van de afdeling goederenvervoer van de 'Nederlandsche Centraal Spoorwegmaatschappij'. Hij mocht bovendien in Utrecht een eigen steenkolen-groothandel leiden en verhuisde naar de Utrechtse Stationsstraat. Toen zijn eigen zaak goed liep, nam hij in 1885 ontslag. Zijn contacten met het 'Rheinisch-Westfälische Kohlen-Syndikat' (RWKS) waren uitstekend. In 1896 verenigden zich acht groothandelaren in kolen, onder wie H.A. van Beuningen en F.H. Fentener van Vlissingen, en stichtten de Naamloze Vennootschap Steenkolen Handelsvereniging (SHV), die optrad als verkoopkantoor van het RWKS. Tot 1904 was de leiding in handen van president-directeur H.A. van Beuningen, die de SHV tot grote bloei bracht. Zowel zijn woonhuis en kantoor waren gevestigd in het kapitale pand Rijnkade 1 te Utrecht. In 1904 kwam zijn zoon Willem van Beuningen, die gehuwd was met Charlotte Elisabeth Fentener van Vlissingen, in de directie. Zelf bleef H.A. van Beuningen president-commissaris tot aan zijn overlijden op 7 februari 1908. Naast zijn werk voor de SHV was Van Beuningen politiek actief namens de Staatkundig Liberale Partij in Gemeenteraad van Utrecht, de Provinciale Staten en in de Tweede Kamer. Hij steunde vele goede doelen in Utrecht met financiële bijdragen. Ter gelegenheid van zijn veertigjarig huwelijksfeest in 1906 gaf hij de kunstenaar A.E. Grolman opdracht gouaches te vervaardigen van de in zijn bezit zijnde huizen en boerderijen, waarvan afdrukken in het familiearchief aanwezig zijn.

Sinds 1901 had Hendrik Adriaan van Beuningen gezondheidsproblemen, veroorzaakt door diabetes waartegen de medische wetenschap destijds nog geen remedie had. Hij overleed op 7 februari 1908, zijn vrouw en kinderen ontroostbaar achterlatende. Zijn oudste zoon Willem was executeur-testamentair en zorgde in samenwerking met notaris J.G. Brouwer Nijhoff voor de afwikkeling van zijn nalatenschap. Voor de zeer goed gedocumenteerde biografie van Hendrik Adriaan van Beuningen wordt verwezen naar: P.D. 't Hart H.A. van Beuningen, Eén van Utrechts beste burgers (2006), aanwezig in het familiearchief.

Van de tien volwassen geworden kinderen van het echtpaar Van Beuningen-Brain hebben er negen een omvangrijk nageslacht gekregen. Zij vormen het begin van de negen staken waaruit de Utrechtse familie Van Beuningen thans bestaat. Elke nazaat, zowel in de mannelijke als in de vrouwelijke lijn, is voorzien van een uniek nummer. Bij jongste telgen bestaat dit nummer inmiddels uit vijf cijfers: zij vormen de vierde generatie ná de kinderen van Hendrik Adriaan van Beuningen en Ann Lavinia Brain.