De grote verwevenheid van de Staten met het domkapittel in de periode vóór 1528 bracht met zich mee dat het archief van de Staten, dat toen onder het beheer van de sekretaris van de dom viel, deels in de archiefkasten en kisten van de dom terecht kwam. Deels ook hebben de Staten archiefstukken in een eigen kist bewaard. Rekeningen en de daarbij behorende bewijsstukken kwamen in de Statenkist waarin ook het geld bewaard werd. Deze kist zou in de sakristie van de dom hebben gestaan onder het wakend oog van de sakrist. Na 1528 stond de archiefkist van de Staten in het kasteel Vredenburg en viel onder het beheer van het Hof. Uit een kwestie die in de jaren veertig van de 16e eeuw speelde tussen de Hollandse rekenmeester Gerrit van Renoy en de Staten over de sleutels van de archiefkist, blijkt dat de kist met de originele rekeningen en andere papieren niet langer vrij toegankelijk was voor de Statenleden; zij moesten zich tevreden stellen met afschriften en dubbelexemplaren die nog steeds in de dom bewaard werden. *  In 1554 kreeg de kameraar Johan van der Haer de opdracht van de Staten om een nieuwe kist te laten maken, om daar alle der Staten boecken, registeren, rekeningen, brieven, scrifturen, octroyen ende alle andere privilegien ende munimenten inne doen sluyten ende bewaren, tot prouffijt ende behoefte van den gemeen lande. *  De kist zou uiteraard weer in de dom moeten staan.

Toen de Staten zich in 1582 definitief losmaakten van het domkapit-tel en zich in het Minderbroederklooster op het S. Janskerkhof gingen vestigen, zal een deel van het archief zijn meegegaan. Vanaf dat moment hebben de archiefstukken van de Staten deels de weg van het dom-archief en deels de weg van het Statenarchief gevolgd. Het Staten-archief bleef tot de tijd van de franse revolutie op de zolders van de Statenkamer, waar de Staten zich in 1582 hadden gevestigd, overgelaten aan het meer of minder deskundig beheer van de opeenvolgende sekretarissen. In 1813 werd de Statenkamer aangewezen tot kazerne en moesten de archieven naar elders worden overgebracht. Na veel omzwervingen, waarbij op grote schaal verliezen werden geleden, kwamen de restanten van het archief tenslotte in de loop van de 19e eeuw in de, volgens de nieuwe inzichten ingestelde provinciale archiefbewaarplaats terecht. De oudste archiefstukken van de Staten, die in de dom waren achtergebleven, bleven tot 1843 in het kerkgebouw zelf, hoewel de kapittels in 1811 waren opgeheven en de eigendommen onder het beheer van de inspekteur-generaal van de Domeinen in Utrecht terecht waren gekomen. In 1843 werden de archieven uit de dom overgedragen aan het provinciaal archief.

De provinciale archivaris P.J. Vermeulen begon omstreeks het midden van de 19e eeuw met de ordening van het archief van de staten, waarbij hij onderscheidde in "charters" en "boekdelen en bundels". Van beide kategorieën verscheen een gedrukte inventaris, de laatste voortgezet door S. Muller Fz., in twee supplementen. Deze inventarisatie voldeed niet, omdat zij nog niet uitging van het-overigens door Vermeulen in ons land geïntroduceerde-herkomstbeginsel. Een hernieuwde inventarisatie in het begin van de 20e eeuw onder Mullers leiding had dit principe wel als leidraad en daardoor stond nu ook een "reconstructie van het middeleeuwse Statenarchief" op het programma, waarbij Muller vooral uit het domarchief putte. In de inleiding bij de inventaris schreef Muller "het is wel mogelijk dat nog enige stukken in het domarchief zijn overgebleven, maar veel zullen het er niet zijn". Het domarchief was destijds nog niet geïnventariseerd, maar desondanks heeft Muller zijn werk grondig gedaan. De paar stukken die wij nog in het domarchief aantroffen, die duidelijk bestemd waren om onder het Statenarchief te berusten, hebben wij daarnaar toe overgebracht. Alleen de charters, behorend tot het oudste deel van het Statenarchief, beschreef Muller zelf.

Tot de inventarisatie van de rest van het archief gaf hij opdracht aan zijn medewerkers. Zij herordenden en beschreven de resoluties, de rekeningen, de boekdelen en bundels en herstelden de letterkast. Toen waren nog de losse stukken over, een "overstelpende massa, waaraan geen enkele orde meer te herkennen was". Weliswaar was men de "hinderlijke rommel" al voor Mullers tijd kwijt geraakt door het op allerlei wijzen te verspreiden en te verstoppen, maar bij zo'n systeemloos gedoe kon Muller zich niet neerleggen. Fruin, een van de medewerkers van Muller, kreeg het vervolgens voor elkaar om de ca. 100 portefeuilles met losse stukken terug te brengen tot een serie bijlagen bij de resoluties, zodat er nog twaalf portefeuilles losse stukken over bleven. Deze resterende portefeuilles besloot Muller niet te beschrijven en zij werden als supplementen in de verschillende inventarisdelen gevoegd. De "Catalogus van het Archief der Staten van Utrecht, 1375-1813" verscheen tenslotte in 1916.

Bij de huidige inventarisatie van het oudste deel van het Statenarchief hebben wij de handelwijze van Muller om de losse stukken noch te beschrijven, noch te ordenen, niet overgenomen. Zoals hij zelf al schreef: "dat zou beslist verkeerd zijn". Behalve de desbetreffende supplementen en enige stukken uit het domarchief, werden ook die stukken die onterecht naar de verzameling handschriften waren afgedwaald, naar het archief van de Staten teruggebracht. Het charter waarmee Muller het "middeleeuwse Statenarchief" liet aanvangen was de Landbrief van 1375. De Landbrief moet destijds in achtvoud zijn opgemaakt, waarvan nog zeven exemplaren over zijn. Het exemplaar van S. Jan is waarschijnlijk verloren gegaan. Hoe de verdeling onder de belanghebbenden destijds heeft plaatsgevonden is niet geheel duidelijk. Waarschijnlijk heeft Muller in het nog ongescheiden archief van de dom drie exemplaren aangetroffen: één exemplaar van het domkapittel zelf, één exemplaar van de bisschop,-wiens archief eveneens in de dom werd bewaard-en mogelijk een ridderschapsexemplaar. Muller heeft een van deze drie Landbrieven in het Statenarchief ondergebracht en wij hebben deze situatie zo gelaten. Het oudste archiefstuk van de Staten in de huidige inventaris is derhalve nog steeds de Landbrief van 1375.

In de inventaris van Muller werd het gehele archief van de Staten verdeeld over drie perioden: de middeleeuwen, de republiek en de revolutietijd. De middeleeuwen liet Muller tot ca. 1576 lopen. Wij hebben de cesuur in 1581 gelegd. Daarvoor zijn een aantal zowel politieke als archivistische argumenten aan te voeren. Hoewel de Staten nog niet onmiddellijk in 1581 souverein werden, werd toch in dat jaar Filips II als landsheer afgezworen, met alle gevolgen van dien ten aanzien van de bevoegdheden van de Staten. Vanaf datzelfde jaar was ook de interne besluitvorming van de Staten definitief anders met het funktioneren van een permanent bestuurscollege in de vorm van het college van Gedeputeerde Staten. Niet alleen werden in 1581 de banden met het Habsburgse bewind verbroken, maar ook die met het domkapittel. De vergaderingen van de Staten stonden niet langer onder het presidium van de domdeken, maar onder dat van de president der geëligeerden. De geëligeerden vormden voortaan het eerste lid van de Staten als vertegenwoordigende geestelijkheid. Het groot kapittelhuis van de dom werd als vergaderplaats verlaten en ingeruild voor het klooster van de Minderbroeders. Bovendien namen de Staten in januari 1582 voor het eerst een eigen vaste sekretaris in dienst in de persoon van Johan Strick. Hij en zijn opvolgers zouden voortaan een eigen archief gaan vormen, los van dat van de dom.

Tenslotte nog iets over de term manuaal die in de inventaris van Muller wordt gebruikt. Wij hebben deze term vervangen door de term legger en wel omdat het hier gaat om opsommingen van grondeigendom, waarover de heffing werd omgeslagen. Er werden meestal wel aantekeningen betreffende de ontvangst in gemaakt, maar de boeken werden aangelegd als legger. De dateringen ervan hebben wij meestal moeten wijzigen.