Het archief is voor het overgrote deel gevormd door twee 18e-eeuwse telgen. De reeds genoemde politicus Jan Elias en de geleerde en letterkundige Balthasar Huydecoper. Beider handschrift en correspondentie zijn overvloedig in de stukken vertegenwoordigd. Beiden hebben ook vrij veel materiaal aan het archief toegevoegd. Balthasar Huydecoper *  , de hypercritische bewerker van de Rijmkroniek van Melis Stoke *  , de 'taaldespoot uit de pruikentijd' *  , de schrijver van bucolische poëzie en klassicistische drama's, heeft niet alleen veel aantekeningen, indices en afschriften in het archief nagelaten, via hem zijn ook nogal wat stukken in het archief terecht gekomen, die niet strikt als archiefstukken beschouwd kunnen worden. Gezien de logische samenhang met de archivalia en gezien het ontbreken van zijn bibliotheek, die na zijn dood is geveild *  , hebben we deze stukken bij het archief beschreven. Als baljuw van Texel, waar hij blijkens de correspondentie vaker niet dan wel resideerde, heeft hij een niet onbelangrijk aantal Texelse archivalia in zijn bezit gekregen, die in het familiearchief gebleven zijn.

De centrale figuur in het archief is echter ongetwijfeld Jan Elias Huydecoper. Zijn intense belangstelling, gepaard aan een kennelijke schrijf- en verzamelwoede, zowel voor zijn eigen politieke activiteiten als voor de geschiedenis maakt hem tot degene die meer dan een ander aan de vorming van het archief heeft bijgedragen. Hij bewaarde een omvangrijke correspondentie en hield nauwkeurig aantekening van zijn ervaringen. Aan zijn dagboek en allerhande door hem geschreven aantekeningen en memories over politieke en juridische onderwerpen voegde hij archivalia toe. Aan het eind van zijn leven stelde hij daaruit een historische verhandeling over de jaren 1775 tot 1787 samen. Zijn historische belangstelling bracht hem ertoe het archief van zijn familie te inventariseren, en te plunderen. Tot dat archief behoorden toen nog niet de archieven van Balthasar Huydecoper, van de families Van Schuylenburg en Van Heemskerck, die pas later - via zijn vrouw - in het familiearchief terecht zouden komen. Wel beschikte hij al over de 'papieren de familie Hasselaer concerneerende' en de 'papieren van andere familien', waaronder Coymans. Chronologisch geordend per familie beschreef hij hier de persoonlijke en, deels, zakelijke stukken uit het archief. De stukken gebruikte hij ook voor de samenstelling van genealogieën.

Eveneens beschreef hij stukken betreffende ambtelijke en politieke onderwerpen in verschillende afdelingen, chronologisch geordend: 'Register der papieren rakende de stadt als lidt van Holland', 'Register der papieren concerneerende de policie en regeeringe der stadt int bijzonder 1576, 1656-1752', 'Register van mijne papieren het vaderlandt int gemeen concerneerende' en 'Prenten, papieren en politieke geschriften tot de historie, zaken van oorlog, buitenlandse zaken etc.' Blijkens de aantekening: 'NB. deeze zijn alle onder mijne generale papieren, ijder op zijn respect, en na ordre des tijds ingevoegt' werd de ordening van de stukken door deze onderwerpen bepaald. Aangezien Huydecoper hier ongetwijfeld stukken uit het familiearchief beschreef, en op deze stukken aantekeningen maakte, maar, uit historische of ambtelijk-politieke belangstelling, ook van elders stukken aan het archief toevoegde, is het - anders dan bij Balthasar Huydecoper - de vraag hoe deze stukken nu geïnventariseerd moeten worden. Er is voor de volgende oplossing gekozen: de stukken die door Jan Elias Huydecoper bij zijn aantekeningen en memories gevoegd zijn - hetzij van elders, hetzij uit het archief van de familie gelicht - zijn gelaten waar ze werden aangetroffen. Andere stukken van ambtelijke of politieke aard die door handschrift of adressering duidelijk bij een bepaalde in het archief vertegenwoordigde persoon thuis horen, zijn bij die persoon geplaatst. Tenslotte blijft dan een aparte afdeling stukken betreffende het bestuur van Amsterdam, het gewest Holland en de Generaliteit over, waarvan niet duidelijk is of ze door Jan Elias Huydecoper aan het archief zijn toegevoegd of al vroeger tot het archief behoord hadden.

In de afdeling Stukken van persoonlijke aard zijn telkens per lid van de familie Huydecoper met zijn of haar huwelijkspartners de zuiver persoonlijke stukken en de ambtelijke stukken bijeengebracht en soms een beperkt aantal stukken afkomstig van de schoonfamilie. Daarnaast bevinden zich in het archief een viertal deelarchieven van aanverwante families.
De eerste familie die stukken heeft nagelaten is de familie Coymans. Tussen beide families zijn in de 17e en aan het begin van de 18e eeuw in drie opeenvolgende generaties huwelijken gesloten: Maria Coymans trouwde in 1624 met Joan Huydecoper, Sophia Coymans met hun zoon Joan Huydecoper in 1656 en Sophia Isabella Coymans met Joseph Huydecoper in 1706. De familie Coymans stamt af van een voorname Antwerpse koopliedenfamilie, die zich rond 1585 aanvankelijk in Hamburg, later in Amsterdam vestigde. Daar stichtte Balthasar Coymans de befaamde koopmans- en bankiersfirma Coymans. Hij liet door Jacob van Campen het 'huis van Coymans' op de Keizersgracht tegenover de Westermarkt bouwen. Dit huis is, waarschijnlijk met het archief, door het huwelijk van 1706 in bezit van de familie Huydecoper gekomen.

De tweede familie die archivalia aan het archief Huydecoper heeft toegevoegd, is de familie Hasselaer, waarvan uit de 15e eeuw al een lid, in Leiden, bekend is. In de 16e eeuw is het een bekende Haarlemse brouwersfamilie. Na de val van de stad heeft de Pieter Dirksz. zich in Amsterdam gevestigd, waar hij betrokken was bij de oprichting van de VOC. In de 17e en 18e eeuw vormt de familie een belangrijk Amsterdams regentengeslacht, hetgeen onder meer blijkt uit het burgemeesterschap van Pieter, Gerard en Gerard Arnoud Hasselaer. Tevens blijkt dit uit de familieverwantschap met onder meer de familie Huydecoper, waardoor archivalia Hasselaer, via het huwelijk van Agatha met Jan Elias Huydecoper in 1692 in het archief terecht zijn gekomen.

De familie Van Schuylenburg, heren van Duckenburg, oorspronkelijk afkomstig uit Wijk bij Duurstede, was een bekende Haagse en Haarlemse regentenfamilie die, evenals Huydecoper, ten tijde van Willem III belangrijke functies in de omgeving van de stadhouder vervulde; zo fungeerde Willem van Schuylenburg als secretaris, rekenmeester en thesaurier-generaal en was zijn zoon Johan griffier van de stadhouder-koning. De stukken van deze familie moeten in het Huydecoperarchief terecht gekomen zijn door het huwelijk van Jan Elias Huydecoper met Anna Elisabeth van Schuylenburg in 1768, die waarschijnlijk de stukken afkomstig van de familie Van Heemskerck via haar zuster, Cornelia Jacoba van Schuylenburg, echtgenote van Willem van Heemskerck, erfde. De familie Van Heemskerck, graven van het Heilige Roomse Rijk, heren van Achttienhoven, was oorspronkelijk uit Leiden afkomstig.

Dat de familie Huydecoper, nadat een einde gekomen was aan het ancien régime, tot onbeduidendheid is vervallen, zou een overtrokken stelling zijn, hoewel dit zowel kwalitatief als kwantitatief in vergelijking met de voorafgaande periode voor het archief wel geldt *  .
In de 19e eeuw wordt het burgemeesterschap nog meermalen door leden van de familie uitgeoefend, maar het betreft nu niet het burgemeesterschap van de oppermachtige handelsstad, maar dat van Tienhoven, Maarssen met Maarsseveen en Zeist. In 1814 werd Joan Huydecoper benoemd in de ridderschap van Holland. Na verloop van tijd heeft de familie zich feitelijk uit Amsterdam teruggetrokken. Door huwelijken raakt de familie in deze periode gelieerd aan de families Taets van Amerongen, Teding van Berkhout, Van Hardenbroek, Gevers Deinoot etc. Hoewel we voorts nog leden van Provinciale en Gedeputeerde Staten van Utrecht, een lid van de Tweede Kamer, een bankier, een advokaat en een commissionair in effecten aantreffen, is dit alles toch een zwakke afschaduwing van de vooraanstaande rol die de familie vóór 1795 speelde.

Gevolg daarvan was mede dat het archief vrijwel in zijn geheel in Utrecht is terecht gekomen. Toen Henri A. Ett in 1945 op zoek ging naar de nagelaten papieren van Balthasar Huydecoper, ontdekte hij die op Goudestein, dat tot 1911 het eigendom was gebleven van de familie Huydecoper *  . Door zijn bemiddeling kon de overbrenging van het archief van Goudestein naar het Rijksarchief in Utrecht al in oktober 1945 voltooid worden. In de daaropvolgende jaren konden nog een groot aantal stukken van elders aan het archief worden toegevoegd. In december 1947 werd tenslotte het contract gesloten waarbij jonkheer J. Huydecoper van Maarsseveen het archief in bewaring gaf. In 1955, 1963 en 1964 zijn nog enkele archivalia door J. Huydecoper van Maarsseveen overgedragen. In 1955 stond de Van de Poll-stichting te Zeist (opgericht in 1951 ter bevordering en verbreiding van de kennis van de geschiedenis van Zeist) de archivalia af die gevonden werd op het huis Wulperhorst te Zeist, dat sedert de 19e eeuw het zwaartepunt van het familiebezit was gaan vormen. In 1963 werd het archief, behalve met het bezoekersregister van het landgoed Groeneveld te Baarn, afkomstig van J.L. van Hof te Maastricht, verrijkt met een groot aantal archivalia, in bewaring gegeven door jonkvrouw Cornelia Maria de Beaufort te Leusden, een kleindochter van Joachim Ferdinand de Beaufort en Ernestine Huydecoper. Een groot aantal van deze archivalia zijn door ons echter weer van het Huydecoperarchief afgesplitst, aangezien zij blijken te behoreen tot het archief van de familie De Beaufort zelf *  . Zij zijn verzameld door Thomas Hope, representant van de erfstadhouder als opperbevelhebber van de Westindische Compagnie.

In 1867 is door Jhr. Joan Huydecoper van Maarsseveen aan het Gemeentearchief van Amsterdam een gedeelte van het archief geschonken, namelijk het "familiearchief, voor zoverre dit niet van particulier maar van algemeen belang is" *  . De aanvankelijk door Scheltema geïnventariseerde 'collectie Huydecoper' die zich daar nu in de Handschriftenverzameling *  bevindt, is zeer heterogeen en, naar het lijkt, volledig willekeurig uit het archief gelicht. De stukken zijn naar onderwerp geordend, waarschijnlijk al door Jan Elias Huydecoper. Een deel van deze bundels bevat uitsluitend of vrijwel uitsluitend gedrukte resoluties van de Staten Generaal en de Staten van Holland e.d., een aantal pakken echter bevat door Jan Elias Huydecoper ontvangen of verzamelde afschriften, en aantekeningen en memories van zijn hand, die van groot belang kunnen zijn. Een deel van de door Scheltema geïnventariseerde stukken is later aan het burgemeestersarchief toegevoegd. Daarnaast bezit het Gemeentearchief een deel van de chronologische aantekeningen van Jan Elias Huydecoper, namelijk over de periode januari tot juni 1787, die aansluiten bij nr. 568 van de onderhavige inventaris *  .

Tenslotte bezit het Gemeentearchief van Amsterdam nog een aanvulling op de stukken van Pieter Vlaming en Gerrit Schoemaker, waarschijnlijk verworven uit de bibliotheek van Jan Wagenaar, namelijk een tweetal bundels betreffende de beschrijving van Amsterdam. Ten eerste het 'Ontwerp van P. Vlamings vervolg (op de) Beschrijving van Amsterdam door C. Commelin en andere aantekeningen en regesten daartoe behorende', in de hand van Gerrit Schoemaker *  en 'Oude kloosters der stad Amsterdam, voorregten, eigendommen en bedelbrieven der monniken', dat aantekeningen van Pieter Vlaming, Gerrit Schoemaker en Balthasar Huydecoper bevat *  .
Een gedeelte van de genealogische aantekeningen van Eduard Huydecoper bevindt zich bij het genootschap De Nederlandse Leeuw te Den Haag.

In 1953 zijn in opdracht van de eigenaar van het archief stukken betreffende de verwante families Cruypenningh en Van Valkenburgh afgestaan aan jhr. C.C. van Valkenburg te Aerdenhout *  (waarbij kennelijk inv.nr. 1343 over het hoofd gezien is).
Nadat de toenmalige rijksarchivaris B.M. de Jonge van Ellemeet de binnenkomende archivalia voorlopig met de hulp van H.A. Ett had beschreven, is er tussen 1952 en 1955 door J. Steur en tussen 1955 en 1963 door F.H.C. Weijtens aan de inventarisatie gewerkt. Aan het eind van deze inventaris is een concordantie opgenomen met de handschriftinventaris van Steur en Weijtens.