In mei 1963 heeft de Evangelisch-Lutherse gemeente te Utrecht haar 350-jarig bestaan gevierd. In de 16e eeuw was er reeds een aanzienlijke gemeenschap van Luthersen. Door de geloofsvervolgingen in het begin en de toenemende invloed van het Calvinisme aan het eind van de 16e eeuw was het aantal belijders van de Augsburgse confessie echter aanmerkelijk geslonken, zodat de gemeente geheel in verval was geraakt. Duitse immigranten deden het aantal Luthersen weer groeien; bovendien werden na de val van Antwerpen, in 1585, hun gelederen versterkt door talrijke vluchtelingen uit die stad. In alle plaatsen waar zich deze Zuidnederlandse uitgewekenen vestigden, is spoedig daarna een Lutherse gemeente ontstaan. Zij kregen van de Antwerpse magistraat een gunstig getuigenis mee in de vorm van een "paspoort" *  . Toen bekend werd, dat er in Utrecht Antwerpenaren waren, bezocht de uit Antwerpen afkomstige Johannes Ligarius, predikant te Woerden, Utrecht om zijn oud-stadgenoten van advies te dienen inzake een verzoek om erkenning aan de Utrechtse vroedschap; deze wees het rekest op 28 februari 1589 af *  . De Lutheranen bleven echter wel bijeenkomen. Toen de Duitse soldaten van de graaf van Stolberg in 1590 te Utrecht gelegerd waren, heeft hun veldprediker, Joannes Becker, hoogst waarschijnlijk voor alle Luthersen in deze stad de dienst geleid. In het begin van de 17e eeuw groeide de gemeente weer wat door de komst van Duitse kooplieden. In 1608 kon men een eigen predikant aanstellen, te weten Johannes Cremerius. Terwijl de Utrechtse Lutheranen in 1605, bij de eerste synode te Amsterdam, nog niet als gemeente werden erkend, waren zij in 1614 op de tweede synode reeds met een afvaardiging aanwezig.

Een zekere suprematie van de Amsterdamse over de Utrechtse gemeente was in het begin duidelijk te bespeuren. Bij alle belangrijke besluiten werd deze gemeente geraadpleegd en ze had dan ook veel invloed op de benoeming van predikanten. Aanvankelijk kwamen.de leden samen in een huis achter de Lijnmarkt, dat in 1612 door dr. Hendrik Saell Wten Engh, doctor in de medicijnen en vooraanstaand gemeentelid, was aangekocht *  . De tweede predikant, Hibbaeus Magnus, kan als grondlegger van de Utrechtse gemeente worden beschouwd. In 1613 stelde hij een kerkeraad samen en langzamerhand groeide de gemeente, hetgeen onder meer blijkt uit de uitbreiding van het bestuur en uit het feit, dat men het in 1622 al nodig achtte bepalingen voor de dienst, de kerkelijke vergaderingen enz. op te stellen *  .

Tevens ontstond de behoefte aan een eigen kerkgebouw, waartoe men een in 1617 gekocht huis in de Strosteeg, bij de Springweg, wilde ombouwen. De hiervoor benodigde gelden had men vooral te danken aan de mildheid van enige buitenlandse vorsten, de hertogen van Brunswijk en van Weimar. In 1620 legde de hertog van Brunswijk de eerste steen. Men was reeds ver met de bouw gevorderd, toen de vroedschap bezwaren maakte. In 1624 scheen het verzet tegen de bouw van de kerk te zijn verminderd, althans het stadsbestuur liet toe, dat het nieuwe kerkgebouw werd ingewijd. De kerk zag er van buiten uit als een normaal woonhuis en heeft ook als zodanig gegolden. Men kocht in 1638 een orgel te Amsterdam. In 1658 boden 144 jongedochters en jongemannen de kerk een nieuwe kroon aan, waarvoor zij geld hadden bijeengebracht. De plechtige oorkonde met hun namen bevindt zich in het archief van de kerk *  .

In 1646 waren er 107 dopelingen, een aantal dat sindsdien niet meer is bereikt. Uit het giftenboek *  blijkt hoeveel voorname personen, in hoofdzaak Duitse en Skandinavische edelen, zich voor de Lutherse kerk interesseerden. De betere financiële situatie, die mede hierdoor ontstond, maakte de Lutherse gemeente beslist onafhankelijker. Zonder het consistorie van Amsterdam te raadplegen, zoals tot dusver het geval was, had men in 1639 Johan Adam Hunerfanger als tweede predikant aangenomen.

In 1651 veroorzaakte de beslissing, waarbij de Christelijk Gereformeerde religie tot staatsgodsdienst werd verheven, een vermindering van het aantal leden en mede hierdoor een financiële achteruitgang. Bovendien schijnt men wat slordig te zijn geweest met het beheer. De ouderling Johannes Rothoven maakte een reis naar Denemarken en andere landen om bijstand te vragen voor de armen der gemeente *  . In die jaren brak er een heftige twist uit in de kerkeraad, die voornamelijk ging over het slechte beheer van de gelden en goederen. Ook de beide predikanten, Swetgius en Hunerfanger, waren bij de strijd betrokken. Amsterdam heeft de zaak in enige classicale vergaderingen behandeld en ook de vroedschap heeft getracht een verzoening te bewerkstelligen. In 1660 werd er een "temperament ende articulen van verdragh" gesloten tussen de aanhangers van beide predikanten, waarin de zaken geregeld werden *  . Bij de volgende verkiezingen van de kerkeraad brak de strijd echter weer los. Door de strenge ordonnanties van 25 mei en 10 augustus 1661 heeft het stadsbestuur de orde weten te handhaven *  . Pas in 1666 vond er een werkelijke verzoening plaats *  . Aan het einde van de zeventiende eeuw brak er een moeilijke tijd aan voor de gemeente. De kerk ondervond namelijk de gevolgen van het rampjaar; bovendien waren er langdurige vacatures van predikanten.

Aan het einde van de 18e eeuw brak er een strijd uit tussen twee richtingen in de kerk: de Duitse en de Nederlandse. De Duitsers waren meer orthodox, terwijl de Hollanders meer waren beïnvloed door de Verlichting. Bij het beroepen van predikanten ontstonden voortdurend wrijvingen tussen beide stromingen. Na het vertrek van stadhouder Willem V en met hem de oude regeringen, maakten 39 gemeenteleden van de nieuwe toestand gebruik door bezwaar te maken tegen de benoeming van J. P. C. A. Th. L. Griesenbek. Deze was in 1790 bij zijn benoeming nog proponent, dus reglementair niet beroepbaar. Er vormden zich wederom twee partijen. Tenslotte besloot de grote kerkeraad Griesenbek als predikant aan te houden. In 1797 was men echter genoodzaakt hem te ontslaan, omdat er klachten waren gerezen tegen zijn persoonlijke levenswandel. Griesenbek deed de grote kerkeraad daarop een proces aan om hem schadeloos te stellen. Hij won het proces, waardoor de gemeente zwaar in de schuld kwam te zitten. In het archief bevinden zich stukken betreffende deze geschillen in de kerk, lopend over de jaren 1772-1800 *  .