De bedeling van de armen in Utrecht werd voor 1674 geregeld door de Stadsaalmoezenierskamer. Nadat de Franse bezetting van 1672-1673 bijna tot een stadsbankroet had geleid, moesten geloofsgenoten vanaf 1674 voor hun eigen bedeelden zorgen. Op 1 oktober 1674 kwamen tien katholieke patriciërs bijeen. Met het opstellen van een voorlopig reglement, "Provisionele Ordre" *  , was de oprichting van de R.C. Aelmoessenierscamer een feit.
De R.C. Aelmoessenierscamer heeft tot 1746 bestaan, maar de spanningen in de Rooms-Katholieke kerk, die in 1723 tot een schisma in de kerk zouden leiden, vonden hun weerslag binnen de R.C. Aelmoessenierscamer.

Na de reformatie waren katholieke instellingen in de Republiek der 7 Verenigde Nederlanden officieel verboden. De tolerantie ten aanzien van andere godsdiensten dan het Calvinisme werd in de loop van de 17e eeuw groter, ook de Rooms-Katholieke kerk zou hiervan profiteren. De Republiek was voor de Rooms-Katholieke kerk zendingsgebied. Aan het hoofd van de kerk stond een apostolisch-vicaris. Deze was hiërarchisch ondergeschikt aan de pauselijke gezanten te Keulen en Brussel. Alle 17e-eeuwse vicarissen hebben er naar gestreefd in de Nederlandse gewesten een eigen kerkprovincie te stichten. Dit gaf spanningen omdat een deel van de geestelijkheid, de reguliere geestelijkheid, vond dat de Republiek als zendingsgebied direkt onder het pauselijk gezag moest blijven. De apostolische vicarissen vonden steun bij de seculiere geestelijkheid. De tegenstellingen tussen regulieren, geestelijken die aan een orde zijn verbonden, en seculieren, wereldlijke geestelijken, manifesteerden zich op velerlei gebied. De regulieren beschuldigden de seculieren van Jansenisme. Dit is een stroming in de Rooms-Katholieke kerk die de theologie van die dagen wilde omvormen in de richting van de genadeleer van Augustinus. Daarnaast verbonden de Jansenisten zich op den duur met bewegingen die het Romeinse centralisme aanvielen.

De apostolische vicaris Petrus Codde werd, beschuldigd van Jansenisme, uit zijn ambt gezet. Deze diepe scheiding in de kerk werd nog versterkt door de pauselijke bul "Unigenitus", waarin onvoorwaardelijke onderwerping van de Jansenisten werd geëist. De opvolgers van Petrus Codde, die door de Romeinse Curie naar de Republiek waren gezonden, wekten verzet. De Staten van Holland verboden hen hun funktie uit te oefenen. De verkiezing in 1723 van Cornelis Steenoven tot aartsbisschop van Utrecht door de meerderheid van de seculiere geestelijkheid van Utrecht, betekende een breuk in de Katholieke kerk in de Republiek. Vanaf 1723 spreken we van de Rooms-Katholieke kerk en de Oud-Katholieke kerk. In Utrecht werd ook gesproken van de aanhangers van de "Cleresie", de latere Oud-Katholieken, en de aanhangers van de "Paters", de Rooms-Katholieken.

De spanningen tussen Cleresie- en Paterszijde kwamen in de R.C. Aelmoessenierscamer het eerst in 1709 naar voren, toen in een vergadering van de regenten werd besloten dat een gelijk aantal regenten van beide zijden in het bestuur moest zitten *  . In de plaats van twee aftredende regenten zou voortaan één van de Cleresie- en één van de Paterszijde worden benoemd. In het jaar van het schisma in de kerk kwamen de spanningen in de R.C. Aelmoessenierscamer opnieuw aan de oppervlakte. Ook déze keer ging het om de vermoede ongelijke behandeling van één van de twee partijen en wel om de positie van de Patersgezinde boekhouder. Deze kwestie liep zo hoog op, dat burgemeesters en oud-burgemeesters van Utrecht om een arbitraire beslissing werd gevraagd *  . In de jaren hierna kwamen spanningen in de vergaderingen van de regenten steeds vaker voor, maar pas een reeks van geschillen eind 1745 en begin 1746 betekende de uiteindelijke breuk in de R.C. Aelmoessenierscamer.

In een aantal verhandelingen werd zowel door Cleresie- als door Paterszijde uiteindelijk op scheiding aangedrongen, zoals blijkt uit een verhandeling van 24 maart 1746: "Wij ondergeschreve Directeurs der Utrechtsche Roomsch Catholijke armen van de oude Clerigie kant, volkomen overtuygt zo door het gedrag als door de schriftelijke en mondelinge verklaring van onze mede-Directeurs van de Paters zijde, dat het niet mogelijk is langer in vereeninge van goederen en bestier over de gemeene armen met haerlieden te continueeren, en dat uyt deze continuatie van vereening niets anders dan onheylen en eene totale ruine voor de gemeene armen te verwagten is, zijn wij ondergeschreve eyndelyk geraeden geworden gemelde onze mede-Directeurs niet langer tot zodaenige ruineuse vereeniging te dwingen, maar liever alhoewel met een regtsinnig leetwezen en als gedwongen haerlieder voorstel aan te nemen, dat de gemeene goederen der armen in twee egale deelen worden verdeylt, en dat gevolgelijk ook elk de zorge voor zijn particuliere armen op zich nemen, mits dat men alvorens, met approbatie van de Ed. Groot Achtb. Heeren Borgemeesters en Vroedschap deser stadt, overeenkome wegens zodaenige conditien als er nodig zullen zijn, om te beletten dat uyt deze scheydinge niet een oneyndig getal van nieuwe moeijlijkheden en oneenigheden kome voortespruyten" *  .

De scheiding was een feit toen de vroedschap op 9 mei 1746 haar goedkeuring hechtte aan de overeenkomst "Provisionele Conditien van Acoort", die door de Cleresie- en door de Paterszijde op 29 april 1746 werd aanvaard *  . De definitieve afwikkeling kwam tot stand bij "acte van partage" van 1747 *  . De verdeling van de gezamenlijke eigendommen is zo eerlijk mogelijk geregeld, deels door loting. Sommige bezittingen, zoals de fundatie Pelt, die ongedeeld moesten blijven, hadden een jaarlijkse opbrengst die aan beide partijen toekwam. Het kinderhuis aan de Mariahoek kwam in handen van de Cleresiezijde, de Oude Rooms-Katholieke Aalmoezenierskamer. Men betaalde de Paterszijde, de Rooms-Katholieke Armenkamer, hiervoor f 7000,- in obligaties.
De eerste jaren na de scheiding heeft de verdeling van eigendommen en nalatenschappen nog tot conflicten tussen de twee kamers geleid *  .