Voor een groot gedeelte bestaat het archief uit stukken van de administratie van de rentmeesters uit de 16e, 17e en 18e eeuw, en middeleeuwse stukken, voor zover bewaard, omdat de rentmeesters die nodig hadden. Dit geldt in het bijzonder voor de 'ruggegraat' van dit archief, de serie leen- en tijnsregisters vanaf 1380 * 

Tot 1584 was de abt de beoorkonder van al die geregistreerde leen- en tijnsakten *  Slechts bij uitzondering liet de abt zich voor de beoorkonding van tijnsakten vervangen door een 'tijnsmeester'. Bij beleningen omstreeks 1573-1574 liet de abt zich vervangen door de secretaris van de abdij. Na de dood van de laatste abt in 1584 trad tot 1592 de monnik-administrateur op als beoorkonder van de leen- en tijnsakten, terwijl omstreeks 1586 plaatselijke tijnsmeesters de tijns- en pachtakten betreffende de Betuwse goederen uitvaardigden.

Bij de beoorkonding van de beleningen in onsen zale tot Sunte Pauwels, ook genaamd des abtszael (in de abdij), liet de abt als prelaet ende leenhere van den leenhove zich assisteren door twee (in de 14e eeuw ook wel eens door drie of vier) met name genoemde leenmannen, aangevuld met andere goede luyden, en waarbij de naam 'leenhof', hoewel vóór 1580 minder in zwang, geleidelijk inburgerde. Bij de beoorkonding van de akten van intijnsgeving in de abdij waren altijd twee met name genoemde tijnsgenoten aanwezig. Dat was het tijnshof in algemene zin. Ook bij de uitgifte van pachtakten compareerden altijd twee tijnsgenoten, naast de abt als oorkonder. De registratie van alle akten in de registers geschiedde in camera abbatiali, het kantoor van de abt, waar deze ook de jaarrekening opstelde, en waar een toegang tot het archief was *  Als plaats waar de archieven werden bewaard, wordt in 1595 melding gemaakt van de sacristie met de annexe kamer ende de toorene der archieven voirnoemt * 

Gebeurde de registratie altijd op dezelfde plaats en wijze, anders ligt dat vóór 1593 met de eigenlijke rechtshandeling, de beoorkonding van beleningen, intijnsgevingen en verpachtingen. Daarbij treft men de volgende uitzonderingen aan. Akten van intijnsgeving, uitgiften van erfrenten en pacht, en uitgiften in vruchtgebruik werden in vele gevallen, in ieder geval in de 16e eeuw, ook wel uitgevaardigd in aanwezigheid van de leenmannen van de abdij in afwezen der thinsgenoten. Soms greep de beoorkonding van deze overdrachten elders plaats. Voor Eemland geschiedde dit in de S. Joriskerk te Amersfoort, voor Zeeland in de OLV-abdij te Middelburg. De vaste betalingen aan de abdij geschiedden soms ook in de hof ter plaatse, bij voorbeeld in de hof te Heiligenberg voor de goederen te Leusden, in de hof van Emmeklaar voor de goederen te Soest en Hoogland, en in de hof te Lienden voor de Betuwse goederen. Tijnzen uit goederen te Lienden en omgeving konden ook te Utrecht worden betaald in een huis aan de Rodenburgerbrug, dat wil zeggen bij de brug over de Oudegracht bij de abdij (de Hamburgerbrug).

Wat betreft de oorkonden van de gerechten van de abdij waar de abt rechtsmacht uitoefende door een eigen schout, bij voorbeeld in de maalschap van Weede en Emmeklaar, komen in de registers alleen de eigendomsoverdrachten voor, zover de abdij zelf partij was. Te Lienden bezat de abdij een eigen gerecht voor tijnszaken.

Als uitvloeisel van de toenmalige reorganisatie van het beheer stelden de Staten voor de beoorkonding en registratie van de leen-,tijns-, en pachtakten een nieuwe functionaris aan, de stadhouder van de lenen *  , die optrad met enkele leenmannen. De rentmeester van de abdij was tevens griffier van het leenhof. De registratie raakte zo geïnstitutionaliseerd, dat de term leenhof werd gebezigd, en sinds 1619 veelvuldig de term leen- en tijnshof * 

In 1602 werd het stadhouderschap van de S. Pauluslenen in personele unie verenigd met het stadhouderschap van het Utrechtse leenhof. In 1663 werd het griffiersambt van het rentambt gescheiden, en werd de griffier van het Utrechtse leenhof tevens griffier van het leenhof van S. Paulus.

Het leenhof van de S. Pauluslenen beëindigde zijn werkzaamheden in december 1667. Vanaf 1668 vond de registratie plaats in het Utrechtse leenhof *  Bij de aanstelling van P. Ruysch als stadhouder van het Utrechtse leenhof in 1669 werd deze tevens stadhouder van de S. Pauluslenen. Wat betreft de uitgifte van tijnsakten leidde dit in de 18e eeuw tot competentiegeschillen tussen het Utrechtse leenhof en de rentmeester van S. Paulus. Registratie bleef in handen van het leenhof (tevens tijnshof), maar de rentmeester kreeg het toezicht op het juiste verloop van de overdrachtsprocedures en registratie in verband met het financieel beheer * 

In de stukken van vóór 1584 zijn nog sporen te vinden van een signatuur van laat-middeleeuwse archiefordening: de aanduiding "numerus", gevolgd door een nummer wordt dan vóórin in het betreffende deel aangetroffen. Het hoogste teruggevonden nummer is 128, een duidelijke aanwijzing dat van het middeleeuwse archief het overgrote deel verloren is gegaan. Al ver voor 1797 moet met deze opruiming zijn begonnen.

Als één van de Statenconventen deelde daarna de S. Paulusabdij in de eerste helft van de vorige eeuw ook in de onttakeling van de Statenarchieven *  De moderne inventarisatie vangt aan in 1875 met P.J. Vermeulen's Inventaris van het archief der provincie Utrecht en de vervolgen, daarop die door hem en S. Muller Fz. in de periode tot 1892 zijn gepubliceerd * 

Daarna zijn uit dit 'archief der provincie' de her en der verspreide stukken weer bijeengebracht, aangevuld met uit Engeland teruggekeerde stukken uit de collectie- Phillips *  en tenslotte omstreeks 1900 door achtereenvolgens J. de Hullu en S.A. Waller Zeper als afzonderlijk archief geïnventariseerd *  Van de charters van dit archief bestaat een omstreeks 1904 door Waller Zeper gemaakte regestenlijst in handschrift * 

Het globale karakter van de inventarisatie maakte herinventarisatie gewenst, onder toevoeging van de inhoudsopgave van de registers voor zover die gemengd van samenstelling zijn. Dit betekent, dat inv.nr. 376, de "Rapellarius, een verzameldeel van diverse soorten financieële aantekeningen, aangevuld met losse notities van allerlei aard, in zijn geheel is gespecificeerd. Van de vier oudste leen- en tijnsregisters zijn alleen globale specificaties gemaakt, met dien verstande dat alle akten en aantekeningen die buiten de series leen- en tijnsakten vallen, zijn gespecificeerd. Bovendien zijn van elke band de verschillende soorten registers aangegeven. Aan deze inventaris is een concordantie op de genoemde oude inventaris (catalogus) van De Hullu en Waller Zeper toegevoegd.