Vosmeer stelde van meet af aan alles in het werk om het verloren terrein op de calvinisten terug te winnen. Twee factoren zijn hierbij van belang. Ten eerste was weliswaar de openbare uitoefening van de katholieke eredienst verboden maar de kerk van Rome kende nog steeds een sterke aanhang onder de bevolking. de achtergebleven katholieke geestelijkheid zette ondergronds de zielzorg en andere geestelijke werkzaamheden voort tot groot ongenoegen van de calvinisten, die zich regelmatig beklaagden bij de overheden over 'paapse stoutigheden'. Bovendien stond de afloop van de strijd tegen de Spanjaarden in de laatste decennia van de 16e eeuw nog allerminst vast. Met het aantreden van Alexander Farnese, hertog van Parma, in oktober 1578 als nieuwe landvoogd over de Nederlanden, glooide er nieuwe hoop aan de horizon voor de onderdrukte katholieken. Parma's diplomatieke en militaire kwaliteiten brachten de opstandelingen danig in het nauw. Doch rond 1590 keerden de kansen voorgoed in het voordeel van de Republiek. de zuidelijke Nederlanden bleven katholiek en onder Spaans bestuur; de noordelijke gewesten daarentegen gingen als zelfstandige republiek met het calvinisme als officiële godsdienst hun eigen weg.

Deze uitkomst miste uiteraard haar uitwerking niet op de paus en andere katholieke overheden. Langzamerhand groeide bij hen het besef, dat terugkeer naar het oude definitief onmogelijk was geworden en de organisatie van de katholieke kerk in de Republiek op nieuwe leest geschoeid diende te worden. Na het successievelijk wegvallen van de kerkelijke hiërarchie in de overige, sinds 1559 ingestelde bisdommen, kreeg Sasbout Vosmeer in 1592 de bestuurlijke bevoegdheden toebedeeld over de gehele kerkprovincie Utrecht, waarmee de Hollandse Zending een aanvang nam. Tien jaren later, in 1602, stelde paus Clemens VIII hem aan tot aartsbisschop van Phillippi in partibus infidelium en apostolisch vikaris, onder toezicht van de nuntius te Keulen, over de ketterse Nederlanden. vanwege het eerste kreeg hij de beschikking over de bisschoppelijke bevoegdheden, waaronder de wijdingsmacht. de Republiek werd in hetzelfde jaar tot missiegebied verklaard * 

Tijdens zijn verblijf te Rome verkreeg Sasbout Vosmeer van de paus een aantal bevoegdheden en opdrachten. Zo moest hij zich bezighouden met het verzamelen en naar veiliger oorden overbrengen van relieken en andere waardevolle kerkelijke objecten om deze te redden voor vernietiging door de protestanten *  Het traceren en evacueren van verstrooid of in vijandelijke handen geraakte archieven van geseculariseerde geestelijke instellingen behoorde evenwel niet expliciet tot zijn taak, maar Vosmeer heeft zich hiermee wel beziggehouden. In 1604, inmiddels naar Keulen uitgeweken wegens gevaar voor arrestatie, wist hij bijvoorbeeld de hand te leggen op het Evangeliarium van de abdij van Egmond. Thans vormt deze in de 9e-10e eeuw vervaardigde codex een van de parels van de Koninklijke Bibliotheek in Den Haag * 

Het staat vast, dat Vosmeer in die jaren nog meer bescheiden verwierf, maar over de wijze, waarop dit is geschied, is tot op heden vrijwel niets bekend. Ongetwijfeld heeft hij in contact gestaan met geestelijken, die op hun vlucht voor de opstandelingen archieven of delen daarvan hadden meegenomen. Overdracht van die bescheiden aan de hoogste kerkelijke gezagdrager over de Nederlanden is dan een tamelijk logische stap. Sasbouts broer Tilman Vosmeer, kanunnik te Keulen en proost van S. Jan te Utrecht, ontfermde zich in zijn functie van kanselier zowel over Sasbouts eigen archief als de verzamelde papieren. de collectie werd nog verrijkt met stukken van Crucius van Adrichem en het Delftse S. Barbaraklooster, die Tilman Vosmeer als executeur-testamentair van van Adrichem in bezit kreeg. Bij zijn dood in 1634 liet hij alle papieren na aan het college 'De Hooge Heuvel' (Alticollense) te Keulen, een opleidingsinstituut voor katholieke geestelijken * 

Als opvolger van de inmiddels in 1614 overleden Sasbout Vosmeer trad Philippus Rovenius aan *  Evenals zijn voorganger legde hij zich toe op het verzamelen van archivalia van geestelijke instellingen en personen. In tegenstelling tot Vosmeer verbleef hij meestentijds in de Republiek, met name in de stad Utrecht. Geheel zonder gevaren was dat in die dagen echter niet. Al in 1621 moest hij overhaast vluchten naar Oldenzaal wegens het gevaar van gerechtelijke vervolging. In 1628 keerde hij terug naar de domstad en nam zijn intrek in het huis van Hendrika van Duivenvoorde aan de (Kromme) Nieuwe Gracht. Ook toen was de dreiging van vervolging niet geweken. In 1639 verschafte het veelvuldige bezoek van priesters en de leden van het in 1633 door Rovenius opgerichte Vikariaat van Utrecht, een permanente bisschoppelijke raad, de stedelijke overheid een aanleiding tot een huiszoeking * 

Rovenius wist weliswaar te ontsnappen naar Amsterdam, maar zijn secretaris Govert van Moock werd gearresteerd. Een nog ernstiger tegenslag was de inbeslagname van zijn archief en bibliotheek, waardoor de justitie precies op de hoogte raakte van het doen en laten van Rovenius. Op basis van de inhoud van de papieren werd hij aangeklaagd en gedagvaard voor de rechtbank. Rovenius verweerde zich op veilige afstand krachtig in enkele geschriften, maar die konden niet voorkomen, dat hij in 1640 voor het leven verbannen werd met verbeurdverklaring van al zijn goederen. de inbeslaggenomen papieren bleven bewaard bij de rechtbank *  Nadien hebben er geen invallen meer plaatsgevonden, hoewel de vrees daarvoor bij de apostolisch vikaris en zijn ondergeschikte geestelijken soms zo groot was, dat zij zelfs uit veiligheidsoverwegingen ertoe overgingen om archiefstukken te verbranden * 

Intussen berustten de papieren van Vosmeer nog steeds in het college 'De Hooge Heuvel' te Keulen. Het beheer daarvan liet te wensen over. de bescheiden waren opgeborgen in een ongesloten kamer in het gastenverblijf, waar geintersseerden er naar hartelust en ongestoord in konden snuffelen en zelfs stukken ontvreemden. Het meest schrijnende voorbeeld hiervan is Gilbert Junius, katholiek kanunnik van S. Marie te Utrecht, die enige tijd te gast was geweest in het college. Als verwoed verzamelaar van oude geschriften nam hij bij zijn terugreis naar Utrecht een groot deel van Vosmeers archieven mee en plaatste die bij hem thuis op zolder. Na zijn dood in 1681 liet zijn protestantse halfbroer de papieren als scheurpapier verkopen. de dreigende vernietiging werd echter nog net op tijd afgewend door ingrijpen van Petrus Codde, die vrijwel alle stukken opkocht. Codde was toentertijd werkzaam als kapelaan in de S. Gertrudiskerk, een van de katholieke schuilkerken in Utrecht. In 1688 nam hij het pastoraat van de kerk over van Abraham van Brienen om er een jaar later weer afstand van te doen wegens zijn benoeming tot apostolisch vikaris *