Een nieuwe fase in de lotgevallen van de verzameling ving aan in 1886. Op uitnodiging van de toenmalige beheerder, pastoor C. Deelder van de S. Gertrudiskerk, bracht de Utrechtse rijks- en gemeentearchivaris S. Muller Fz. een uitgebreid inspectiebezoek van vijf weken aan de verzameling. Deelder was van mening, dat het behoud van de verzameling slecht gediend was met een verder verblijf in de volstrekt onvoldoende bewaarruimte. Muller zette in een daarop uitgebracht rapport alle zeilen bij om de aartsbisschop en het Metropolitaan kapittel te overtuigen van de noodzaak tot overbrenging van de verzameling naar het Utrechtse rijksarchief *  Zijn opzet lukte ten dele: de stukken gingen in 1887 naar het rijksarchief maar niet in eigendom door verkoop, zoals Muller had gehoopt, maar in bruikleen onder verschillende voorwaarden *  Ten eerste zou het bruikleen eindigen in 1913. Dan moesten de stukken weer terugkeren naar de Driehoek. In de tussentijd nam het Rijk de verplichting op zich om de verzameling te inventariseren. de drukkosten kwamen echter voor rekening van de Oud-katholieke kerk. de stukken waren vrij ter inzage en mochten zelfs voor onderzoeksdoeleinden worden opgezonden naar andere archieven en bibliotheken in Nederland. Voor publikatie van stukken was echter toestemming van de aartsbisschop vereist, vanwege negatieve publiciteit in het verleden. Alvorens het transport van 52 delen en 13 kisten met charters en losse stukken kon plaatsvinden heeft Muller alle stukken van een stempel met het kleinzegel van het Metropolitaan kapittel voorzien.

Muller voelde zich niet in staat, gezien zijn andere drukke bezigheden, om het omvangrijke inventarisatiekarwei alleen te klaren. Hij riep hiervoor de hulp in van collega's bij de rijks- en gemeentearchieven *  Gedeelten van de verzameling, die betrekking hadden op Holland, Gelderland, Overijssel en steden als Haarlem, Rotterdam, Schiedam, Delft en Leiden werden ter inventarisatie naar de verschillende archiefinstellingen gezonden. Als eerste leverde de rijksarchivaris van Overijssel, J.I. van Doorninck, zijn aandeel af *  Andere archieven waren echter rijkelijk tot zeer laat met het bewerken van hun portie. In het rijksarchief Utrecht zelf kwam de inventaris pas in 1911 gereed door de hand van B.M. de Jonge van Ellemeet *  Het plan tot publikatie van alle deelinventarissen is overigens nimmer uitgevoerd. de aanwezigheid van de verzameling in het rijksarchief leverde Muller veel werk op. Regelmatig bereikten hem verzoeken om uitlening van stukken. Daarbij moest hij meer dan eens in de pen klimmen om zijn collega's aan de door hen gedane beloftes te herinneren.

Met het verstrijken van het jaar 1913 kwam er geen verzoek van Oud-katholieke zijde tot teruggave en zo bleef de status quo gehandhaafd. In 1919 ontving Muller bericht van de algemene rijksarchivaris, R. Fruin, om in overleg te treden met de Oud-katholieke kerk voor een nieuwe regeling. Als afgevaardigde van de kerk trad J. Bruggeman, een neef van pastoor Deelder, op. Kernpunt van het jaar daarop gesloten contract was bestendiging van de bruikleen, maar de stukken werden nu verdeeld naar hun afkomst over de daarvoor in aanmerking komende rijks- en gemeentearchieven. Het rijksarchief Utrecht verloor dus zijn functie als centrale bewaarplaats van de verzameling * 

In 1928 kwam een derde overeenkomst tussen de Oud-katholieke kerk en het Rijk tot stand *  Het merendeel van de acht jaren tevoren nog in bruikleen afgestane bescheiden werd in eigendom aan het Rijk overgedragen *  Maar de Rijksoverheid leverde wel enkele tegenprestaties. Het stond aan de Oud-katholieke kerk enige stukken af, die onmiskenbaar afkomstig waren uit haar archieven. Daaronder behoorden ondermeer de in 1639 geconfisceerde stukken van Rovenius en zijn secretaris van Moock. Zoals gezegd gingen niet alle eertijds in bruikleen afgestane stukken naar het Rijk over. Bruggeman stond een scheiding voor ogen tussen de ambtelijke en particuliere stukken daterend van vóór 1580. Het leeuwedeel van de verzameling viel onder de eerste noemer en kwam aan het Rijk.

De meeste particuliere stukken bracht hij als eerste afdeling onder in de inventaris van de archieven van het kerkgenootschap, waaraan hij van 1919 tot in 1928 gewerkt had. de toenmalige rijksarchivaris van Utrecht, K. Heeringa, uitte nog bedenkingen tegen deze naar zijn mening op archivistische gronden arbitraire en aanvechtbare scheiding maar trok, na overleg met de algemene rijksarchivaris Fruin, zijn bezwaren in. de uitgave van de in 1929 verschenen inventaris kwam voor rekening van het Rijk en de archieven kregen, in afwachting van de bouw van een degelijke archiefruimte door het Metropolitaan kapittel, zolang huisvesting in het algemeen rijksarchief *  Bruggeman, door de kerk aangewezen als archivaris, hield het toezicht en werd op grond van wederdienst op de betaalrol van het algemeen rijksarchief geplaatst. Na 1928 zijn er nog enkele stukken tevoorschijn gekomen. Bruggeman voegde ze door middel van een in 1944 in handschrift verschenen supplement aan de eerste afdeling toe * 

A.J. van de Ven, rijksarchivaris te Utrecht en Bruggemans opvolger als archivaris van de Oud-katholieke kerk, oordeelde in 1956 na het overlijden van zijn voorganger, dat het wenselijker was de archieven en het restant van de verzameling over te brengen naar het rijksarchief in Utrecht, in afwachting van de realisatie van een eigen archiefruimte *  Daar dit een onvervulbare wens bleek, werd in 1968 een definitieve overeenkomst van inbewaringneming gesloten tussen de rijksarchivaris te Utrecht en de Oud-katholieke kerk * 

Aangezien Bruggemans inventarisatie naar de huidige archivistische maatstaven onvoldoende is, is het rijksarchief in de provincie Utrecht ertoe overgegaan alle archieven en verzamelde bescheiden van de Oud-katholieke kerk te herinventariseren. de onderhavige inventaris is één van de uit dit project voortvloeiende toegangen op de zo belangrijke schriftelijke nalatenschap van het rijke Rooms- en Oud-katholieke leven uit vroeger tijden.