Ingevolge de wet van 21 juni 1906 *  werd de volksgezondheid geheel onder staatstoezicht gesteld. Dit toezicht werd opgedragen aan: de Centrale Gezondheidsraad te Utrecht, de hoofdinspecteurs van de volksgezondheid, de inspecteurs van de volksgezondheid, en de gezondheidscommissies. Volgens deze wet mochten de gemeenteraden de besluiten en verordeningen, die betrekking hadden op de volksgezondheid, niet vaststellen, aanvullen, wijzigen of intrekken dan na advies te hebben ingewonnen van de plaatselijke gezondheidscommissie. Anderzijds zouden de commissies voortaan de hoofdinspecteurs en de inspecteurs van volksgezondheid, de college van Gedeputeerde Staten, de commissarissen van de Koningin, de gemeenteraden en de colleges van Burgemeester en Wethouders van advies moeten dienen. In Utrecht leidde dit in oktober 1902 tot opheffing van de bestaande en tot installatie van een nieuwe gezondheidscommissie. De meeste leden van de voormalige gezondheidscommissie zetten hun werkzaamheden als lid van de nieuwe commissie voort. Ook de secretaris, dr. J.D. van der Plaats, bleef nog vele jaren in functie (1884-1916).

Het aantal leden breidde zich aanvankelijk uit tot 21 - mede doordat twee 'veeartsen' aan de commissie werden toegevoegd -, maar liep na 1910 tot 15 terug. De werkwijze van de voormalige commissie werd door de nieuwe aangehouden. Terwijl in aanvang elk geval in de vergadering een agendapunt uitmaakte, werd in latere tijd het zogenaamde routinewerk onmiddellijk door de voorzitter en de secretaris afgedaan en kwamen alleen de belangrijke zaken in aanmerking voor behandeling in de algemene vergadering. Dit had tot gevolg, dat het aantal vergaderingen per jaar terugliep *  .

In het begin van de jaren dertig begon het er slecht uit te zien voor de gezondheidscommissies. De noodzakelijke versobering van de staatsdienst noopte de Minister van Binnenlandse Zaken, de opheffing van het instituut der gezondheidscommissies in ernstige overweging te nemen. Protesten bleven niet uit *  . Gevraagd naar haar mening, deelde het college van Burgemeester en Wethouders van Utrecht aan Gedeputeerde Staten mee, dat een dergelijke maatregel van overheidswege voor de gemeente Utrecht tot gevolg zou moeten hebben, dat de taak van de Gezondheidscommissie aan andere gemeentelijke instellingen of aan deskundigen werd overgedragen. Van een werkelijke besparing zou niet of nauwelijks sprake zijn. Met nadruk werd gewezen op de grote verdienste van de commissie op het terrein van de volkshuisvesting *  . Alle protesten ten spijt kwam de Wet tot wijziging van de Gezondheidswet er nog hetzelfde jaar (14 december 1933). En dit betekende het einde van de Utrechtse Gezondheidscommissie, evenals van alle gezondheidscommissies in den lande.