In de Utrechtse Statenvergadering kompareerden drie standen. De eerste stand werd gevormd door de geestelijkheid van de vijf Utrechtse kapittels: het domkapittel en de kapittels van Oudmunster, S. Pieter, S. Jan en S. Marie. De geestelijkheid van abdijen en kloosters werd niet ter vergadering beschreven. Alle kapittelleden hadden recht op beschrijving. Uit een beschrijvingslijst uit het midden van de 16e eeuw blijkt dat aen die vijff goetshuysen elck enen brief, te weten van elck van de vijff goitshuysen die prelaet met twee van de oudste capittularen *  een beschrijving werd gedaan. Toen werd dus blijkbaar al niet meer iedereen daadwerkelijk beschreven, maar sinds wanneer dit gebruik is ingevoerd weten wij niet. In het midden van de 16e eeuw waren het steeds maximaal 15 geestelijken die aan de vergaderingen deelnamen. Meestal waren het er minder.

De tweede stand werd gevormd door de ridderschap. De ridderschap vertegenwoordigde het platteland, maar was overigens weinig georganiseerd. Wat aanvankelijk het criterium voor beschrijving is geweest is onduidelijk. Mogelijk werd een ieder die als "riddermatig" bekend stond ter vergadering beschreven. Bij de bezegeling van de Landbrief in 1375 waren 37 ridders en knapen aanwezig en waarschijnlijk was met dit aantal het belangrijkste deel van de ridderschap present. In de meeste gevallen zal een kleiner aantal aanwezig zijn geweest, afhankelijk van het belang of de aard van de agendapunten. In de 16e eeuw hadden die edelen recht op beschrijving, die in het bezit waren van een Stichtse ridderhofstad. Zij kwamen toen niet langer op persoonlijke titel. In de zogenaamde Verbandbrief van 1512 werd bepaald dat bezitters van een ridderhofstad vrijdom van belasting van huisgeld en bieraccijns zouden genieten. In de Verbandbrief moest daarom een omschrijving van een ridderhofstad worden gegeven. Deze leidde er echter toe dat zo veel mensen belastingvrijdom gingen pretenderen, dat in 1536 het begrip ridder-hofstad opnieuw gedefinieerd moest worden. Op grond van deze nieuwe definitie werd het aantal op 38 gefixeerd en daarmee werd eveneens het aantal edelen dat ter Statenvergadering werd beschreven vastgelegd. In de loop van de jaren werd het aantal overigens weer uitgebreid tot 55.

Stad en steden vormden het derde lid van de Staten. De stad Utrecht, in de benaming "stad en steden" al duidelijk onderscheiden van de rest, nam de dominerende positie in. De "kleine steden" waren aanvankelijk alleen Amersfoort en Rhenen. Afgevaardigden uit deze steden waren al aanwezig bij de bezegeling van de Landbrief in 1375. Nadat Jacob van Gaasbeek door bisschop Rudolf van Diepholt was gedwongen om de heerschappij van Wijk en van het kasteel Duurstede over te geven aan de bisschop, vermeerderde deze daarop de stadsprivileges van Wijk met de bepaling dat dieselve onse stede van Wijck wesen sall een lit onss gestichte van Utrecht in mate onssen anderen steden. *  Sinds 1459 behoorde zo ook Wijk bij Duurstede tot de "kleine steden", waar in 1536 nog Montfoort aan werd toegevoegd.

De Staten kwamen bijeen wanneer er kwesties waren die om gezamenlijke besluitvorming vroegen. Dit was altijd het geval wanneer door de landsheer een bede werd gevraagd. Sinds het einde van de 15e eeuw, vooral sinds de Stichtse oorlog van 1481-1483 en de IJsselsteinse oorlog van 1511, raakte het Sticht in een steeds benarder financiële situatie. De beden namen zienderogen toe in omvang en frekwentie, vooral vanaf het moment dat het Sticht tot het Habsburgse rijk ging behoren en de internationale politiek aan den lijve ondervond. Met het toenemen van de beden zal ook het aantal Statenvergaderingen zijn gestegen. In het midden van de 16e eeuw lag het gemiddeld aantal vergaderingdagen op 27 per jaar. Omdat één vergadering meestal twee a drie dagen duurde, zal het aantal vergaderingen toen dus ongeveer elf zijn geweest.

De vergaderingen werden aanvankelijk (dat wil zeggen voor 1528) gehouden in het groot kapittel huis van de dom en stonden onder presidium van de domdeken. Deze deed eveneens de beschrijvingen. Voor de sekretariaatswerkzaamheden konden de Staten gebruik maken van de notarissen van de dom. In een getuigenverklaring, die werd afgelegd in het begin van de 16e eeuw in het kader van een verzoek om betaling, werd beweerd dat het altijd zo was geweest dat zoe wie secretaris was van den dom was oock secretaris van den drye staten ende als die staten in 't groet cappittelhuys waren vergadert screef die secretaris van den dom tgene die staten overqamen. De sekretaris kon zelfs ten behoeve van de Staten nog kopiisten aan het werk zetten. *  Blijkbaar waren de werkzaamheden van de sekretaris ten behoeve van de Staten inmiddels zo toegenomen dat de kwestie rees wie daar nu voor moest betalen.

De Staten voerden het bestuur door middel van "deputaties", kommissies ad hoc, samengesteld voor de afhandeling van alle mogelijke zaken zoals het innen en uitgeven van gelden, het opmaken van rekeningen of het onderhandelen in het buitenland. Als de deputatie optrad in kontakten met derden, kreeg zij een lastbrief, een "instruktie" van haar opdrachtgevers; soms hield de instruktie een volmacht in. Was de kwestie afgerond dan werd de deputatie opgeheven en werden de gedeputeerden betaald. Zelfs de kameraar had geen vaste aanstelling, noch een vast salaris; hij werd per keer benoemd en per goedgekeurde rekening betaald. Overigens werd in de tweede helft van de 16e eeuw wel jaren achtereen dezelfde persoon met het kameraarschap belast.

Toen in 1528 Karel V als hertog van Brabant en graaf van Holland het wereldlijk bestuur van de Utrechtse elekt Hendrik van Beieren overnam had dit belangrijke konsekwenties voor het funktioneren van de Staten. De onafhankelijke positie die dit lichaam zich in de 15e eeuw had weten te verwerven paste niet in het centralistisch denken van de Habsburgs-Bourgondische vorsten. In 1534 werd het land van Utrecht met het graafschap Holland geunieert, geannexeert ende verenigt en onder dezelfde stadhouder als dit gewest gesteld. In de stad Utrecht was al in 1530 het Hof van Utrecht opgericht, uitgerust met niet alleen juridische maar evenzovele politieke bevoegdheden. Dit Hof zou voortaan de kontrole moeten uitoefenen op de politieke aktiviteiten van de Staten. Daartoe werd in de eerste plaats aan de domdeken het recht van beschrijving ontnomen. Hij moest voortaan aan het Hof een verzoek tot beschrijving indienen, hetgeen dan al of niet door het Hof kon worden uitgevoerd. Als vergaderplaats kregen de Staten een ruimte bij de kanselarij van het Hof toegewezen. Na 1570 was dit het huis van de verbannen Johan van Renesse. Dat de Staten zich niet op hun gemak voelden pal onder de ogen van de ambtenaren van het Hof blijkt uit een brief die de Staten deden uitgaan in oktober 1577, direkt na de satisfaktie met Willem van Oranje. Bij deze overeenkomst was onder andere bepaald dat Johan van Renesse opnieuw de beschikking zou krijgen over zijn huis in Utrecht. De Staten hadden daarom alvast hun kamers geruimd en waren meteen teruggekeerd naar het groot kapittelhuis, hebbende zijne vertreck cameren, daer die litmaten hem vertrecken ende in zware zaeeken, dye nu dagelijks veel vallen, apart raetsplegen mogen, 't welck men inde cancelarye niet doen en mocht zoe daer maer een camer en is ... ter contrarie is men daer zoe onvrij dat men naulicx zijn opinie openbaren en derff. * 

Ondanks de vereniging met Holland en de steeds strakker geworden band met het Habsburgse rijk, kon het land van Utrecht zich als zelfstandige provincie handhaven. In de loop van de 16e eeuw sloeg de balans in de kompetentiestrijd met de landsheer zelfs weer door ten gunste van de Staten. Vanaf het moment dat de Staten van Utrecht zich gingen aansluiten bij de opstand tegen Filips II, en vooral sinds zij zich op 10 oktober 1577 van het Hof hadden losgemaakt, namen zij weer bestuurstaken in eigen hand. Dit had opnieuw gevolgen voor de organisatie van de Statenvergadering. De manier waarop de vergadering tot dan toe was georganiseerd geweest, bleek niet te voldoen in een tijd waarin veelvuldig en snel beslissingen genomen moesten worden. Het steeds opnieuw beschrijven van de leden was te tijdrovend en daarom begon zich uit de Statenvergadering een vast en permanent bestuurscollege te vormen. In eerste instantie werden een aantal Statenleden aangewezen die binnen de stad Utrecht woonden om onmiddellijk bijeen te komen, wanneer dat nodig was en om beslissingen te nemen. Deze zogenaamde Binnenstaten zijn de voorloper geweest van het college van Gedeputeerde Staten dat zich in de loop van 1578 ging konsolideren. Op 26 juli 1581 kreeg dit college zijn definitieve ordonnantie. *  Een eerste vaste funktionaris kregen de Staten in 1577 met de aanstelling van Floris Thin tot landsadvokaat. Voordien was Thin advokaat in het Hof van Utrecht en pensionaris van de stad Utrecht geweest, in welke funkties hij veelvuldig werkzaam was geweest voor de Staten.