Het initiatief tot oprichting van de HThS werd genomen door twee academisch gevormde zendingsmensen, n.l. dr. B.M. Schuurman, docent aan de Bale Wijata te Malang, en dr. H. Kraemer, die was uitgezonden met als taak studie te maken van de geestelijke stromingen op Java. Kraemer, die als afgevaardigde van het NBG buiten de zendings-hiërarchie stond, en contacten had gelegd met zowel de seculiere als de islamitische variant van de Indonesische nationale beweging, zag beter dan verreweg de meeste zendelingen, beter ook dan de zendingsleiding in Nederland, de noodzaak van een nieuw type opleiding, gelijkwaardig aan de (intussen sterk verbeterde) opleiding van de zendeling-leraren en voorbereidend op een taak naast, niet onder dezen. Hij kreeg steun vanuit de Indische Kerk, er werd een voorlopige commissie gevormd en binnen slechts enkele jaren werden de plannen verwezenlijkt. De HThS was een opleiding op semi-academisch niveau, met gepromoveerde theologen onder haar docenten en Nederlands als voetaal (maar haar studenten konden ook Engels lezen; Duits was facultatief, evenals enkele belangrijke streektalen). Als einddoel zag men een theologische faculteit. Dit einddoel werd gerealiseerd in 1954, toen de intussen geïndonesianiseerde HThS/SThT werd omgezet in een Sekolah Tinggi Theologia (STT), een Theologische Hogeschool.

Op verzoek van de voorlopige commissie in Batavia werd ook het Centraal Comité Depok bij de HThS betrokken. Dit constitueerde zich als Orgaan van Bijstand en richtte een stichting op: "Het Genootschap voor Hooger Theologisch Onderwijs in Nederlandsch-Indië". Het bestuur van de stichting werd voorgezeten door een van de zendingsconsuls, als vertegenwoordiger van het Centraal Comité; voorts waren de Nederlandse zending, de RMG en de Indische Kerk vertegenwoordigd. Het Centraal Comité verschafte de stichting een aanvangskapitaal en steunde verder met een bedrag van f. 8.000 per jaar uit de rente van zijn bezit. Naast de Stichting werd (in 1935) een curatorium ingesteld, dat de academische aangelegenheden behartigde. Voorzitter hiervan was vanaf het begin tot 1942 prof. mr. J.M.J. Schepper, hoogleraar aan de Rechtshoogeschool te Batavia, en eerder zendingsconsul (1918-1923) en opvolger van J.W. Gunning als zendingsdirector in Nederland (1923-1924). Zowel in het stichtingsbestuur als in het curatorium had een Indonesiër zitting. Met uitzondering van de docenten voor Batak en Oud-Javaans, bestond de staf van de HThS geheel uit Europeanen. De opleiding was aanvankelijk gevestigd te Buitenzorg, vanaf 1936 te Batavia/Jakarta.

In 1940 werd de verbinding tussen Nederland en Nederlands-Indië verbroken. Met de komst van de Japanners in 1942 kreeg de HThS een Indonesisch bestuur, maar gedurende de oorlogsjaren lagen de colleges praktisch stil.

In de jaren na de oorlog veranderde de politieke en de kerkelijke situatie in Indonesië fundamenteel. In verband met deze ontwikkeling maakte het Centraal Comité geen gebruik meer van zijn rechten als orgaan van bijstand en liet het de leiding over aan de afgevaardigden van de Indonesische kerken. In 1954 werden de statuten aan de nieuwe situatie aangepast. De naam van de Stichting werd: "Lembaga Perguruan Tinggi Theologia di Indonesia"; het bestuur bestond uit afgevaardigden van de participerende kerken. In het curatorium hebben twee door de Indonesische Raad van Kerken aangewezen leden zitting. De naam van de instelling werd eveneens gewijzigd, van Sekolah Theologia Tinggi (SThT) in Sekolah Tinggi Theologia (STT(h)) (Theologische Hogeschool), om aan te geven dat zij voortaan een volledig academische status had. Intussen bleef het Centraal Comité steun bieden: het bekostigde de door de groei van de school noodzakelijke uitbreiding van de gebouwen. Daardoor kromp het kapitaal sterk in. In 1962 volgde ook in Nederland een reorganisatie: de naam van het Comité werd gewijzigd in: "Vereniging tot steun van het protestants theologisch onderwijs in Indonesië", kortweg "Depok-fonds". (Bestuurs)leden van deze vereniging waren de voorzitter en de secretarissen van de Raad voor de Zending der Nederlandse Hervormde Kerk; na de opheffing van de Raad in 1998 de bestuursleden van de Stichting De Zending der Protestantse Kerk in Nederland.
Th. van den End