Oorspronkelijk werd het archief bewaard in een archiefkast bij de secretaris van het bestuur, later uitgebreid met een archiefkist. Vanaf de tijd van de Tweede Wereldoorlog verhuisde dit gedeelte van het archief (met kast en kist), waarin ook series van de publikaties werden bewaard, naar de zolders van uitgeverij Kok in Kampen. Ten tijde van de viering van het honderdjarig bestaan van 'Filippus' is dit gedeelte overgebracht naar de Theologische Universiteit aan de Oudestraat 6 te Kampen en onder beheer gekomen van de archivaris van de universiteit, drs. J. van Gelderen. Ook zijn er toen archiefstukken uit het kantoor in Hattem overgebracht naar Kampen. Naderhand is het archiefgedeelte, dat zich in Kampen bevond, verhuisd naar Het Utrechts Archief en later ter inventarisatie overgedragen aan de afdeling archief en bibliotheek van het Protestants Landelijk Dienstencentrum. Na de opheffing van het kantoor in Arnhem is het jongste gedeelte van het archief hieraan toegevoegd. In 2009 is de inventarisatie van het gehele archief over de periode 1878 tot en met 2008 afgerond.

In de bibliotheek van de Theologische Universiteit te Kampen is een serie uitgaven, ongeveer 260 afzonderlijke en ingebonden titels (convoluten), en een serie gedrukte verslagen over de periode 1879 tot en met 1927 achtergebleven.

Door alle verhuizingen van het archief zijn zeker archivalia en publicaties verloren gegaan. Helaas is niet precies na te gaan wat zoek is geraakt. De notulen en correspondentie van het bestuur vormen wel een redelijk volledig overzicht van het reilen en zeilen van het Traktaatgenootschap Filippus. Zeker is dat niet alle uitgaven bewaard zijn gebleven. Bij het begin van de inventarisatie had het archief een omvang van 21 meter. Gaandeweg bleek dat zeer veel dubbelen bewaard zijn gebleven, vooral van de publicaties. Na opschoning bleef een bestand van 81/2 meter over. Uit het overgebleven deel is het beleid van het bestuur in de loop van de afgelopen 125 jaar goed af te leiden. Bovendien geeft het archief, waarin ook veel (eigen) historie is verwerkt, een mooi beeld van het functioneren van een traktaatgenootschap, zoals dat is ontstaan in de negentiende eeuw.

Utrecht, 2009
A. Bolhuis en C. J. de Kruijter